【医学影像】如何无信息损失的读取、处理和保存nii文件（python，nibabel）

最近工作中需要解决一个问题：

读取nii格式的医学图像，更改内部的矩阵，重新保存成nii数据

但是Nifti数据本身是除了 矩阵信息（也就是图像信息之外），还有和物理坐标相关的 仿射矩阵 以及 Header头文件 信息，但是nibabel的获取数据的方法get_data()是一个单向操作，只可以获取数据，并不能把数据直接存到一个现成的nii文件中，并没有诸如nii_img.data = newdata 这样的方法，意味着不能直接对数据进行更改。

更坑的是，网上也没有教程，官方也没有教程，所以我决定自己写一个！

 

import nibabel as nb

#读取nii文件
nii_img = nb.load('test.nii.gz')
nii_data = nii_img.get_data()
new_data = nii_data.copy()

#省略一些处理data的骚操作,比如：
#new_data[new_data>0] = 1

#把仿射矩阵和头文件都存下来
affine = nii_img.affine.copy()
hdr = nii_img.header.copy()

#形成新的nii文件
new_nii = nb.Nifti1Image(new_data, affine, hdr)

#保存nii文件，后面的参数是保存的文件名
nb.save(new_nii, 'new_test.nii.gz')