NiBabel 使用

NiBabel包是可以对常见的医学和神经影像文件格式进行读写。

安装

pip install nibabel

加载相关库

import os
import numpy as np
import nibabel as nib

载入图像

example_filename = os.path.join(data_path, 'example.nii.gz')
img = nib.load(example_filename)

查看图像形状

img.shape
(611, 512, 512)

获取图像数据

img.get_data()

图像进行仿射变换

img.affine.shape
(4, 4)

将ndarray文件保存到nii.gz

img = nib.Nifti1Image(img, np.eye(4))
nib.save(img, os.path.join('output', 'img.nii.gz')

图像保存

img.to_filename(os.path.join('output', 'test.nii.gz')

或

nib.save(img, os.path.join('output', 'test.nii.gz')