很多小伙伴手头有生信数据分析,但苦于没有
1.开通云服务器
首先,估计一下自己的数据所需要的计算能力,对于我手上的16S V4测序数据,一般只需要8核心16G内存就足够了,于是我就开一个这样配置的云服务器。当然,帐户注册,实名认证这里就不表了。
打开https://buy.cloud.tencent.com/cvm?tab=lite®ionId=1&projectId=-1就看到了云服务器购买的选项,选按量计费,然后选择地区,这里我选了中国香港,如果不需要太多国际数据的下载,可以选择更具有性价比的国内区域,更佳的选择是选离自己比较近的物理区域,理论上讲这样网络延迟会更小一点。
因为流量是按量计费的,所以带宽可以拉到最大,不多花钱,还能节约时间,一举两得。
然后,新建安全组,放通需要的端口,设置一下密码,用户名是默认ubuntu的,就可以愉快的确认信息完成购买了。可以看到,价格只有2元左右1小时,还是比较实惠的。
2.搭建环境
安装conda,R, Rstudio,就可以开心地在浏览器网页上实现数据分析了。Rsudio可以方便地运行单个命令或shell脚本,是不可多得的神器。
#下载minicondawget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh#安装bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh#下载qiime2配置文件wget https://data.qiime2.org/distro/core/qiime2-2020.2-py36-linux-conda.yml#安装conda env create -n qiime2-2020.2 --file qiime2-2020.2-py36-linux-conda.yml#添加几个channelconda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/conda config --set show_channel_urls yes#安装Rsudo apt-get install r-base -ysudo apt-get install gdebi-core -y#下载安装Rstudiowget https://download2.rstudio.org/server/bionic/amd64/rstudio-server-1.2.5033-amd64.debsudo gdebi rstudio-server-1.2.5033-amd64.deb#添加用户和密码,因为rstudio不能以管理员用户登陆sudo useradd usersudo passwd 123456
然后,把数据通sftp上传,就可以使用自己的脚本进行正常的数据分析了。
特别的,如果这个环境需要重复利用,可以将其制作为镜像或快照,下次直接使用,再次节省了时间。如果哪天腾讯云可以提供一些常用生物公共数据库的国内镜像,就像系统镜像一样,我们的数据分析会更加方便,节约时间和成本。
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