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转录组RNA-Seq使用docker+bioconda实现分析环境搭建

转录组RNA-Seq使用docker+bioconda搭建分析环境前言近期学习转录组分析，从ncbi下载数据，转成fastq，STAR/hisat2 map到基因组上，使用featureCount拿到表达矩阵文件挺顺利的，就是到了下游分析，开始使用R开始遇到了各种问题。原因是之前一直使用的一个docker 环境是基于ubuntu 16.04的，上面的R版本是3.2.3，在进行下游分析的时候各种R包安装不上，原因也是R版本太旧。经历了各种问题之后终于忍无可忍，决心重新构建一个RNA-Seq的docker
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发布博客于 6 月前

GATK RNA-Seq Snps Indel 分析

这是GATK Best Practice系列学习文章中的一篇，本文尝试使用:Gatk RNA -Seq Germline spns-indels Pipeline 来分析鼻咽癌(NPT)分析流程如下：GATK版本的是这样的数据从NCBI上下载转录组数据，访问链接为：https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study/?acc=SRP058243&o=acc_s%3Aa第一个样本的数据下载链接如下：LocationName Link
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发布博客于 7 月前

sliverworkspace-community.tar.gz

SliverWorkspace — 下一代图形化生信分析系统 为您提供灵活而强大的功能: 基于Shell的图形化流程设计器,10min完成pipeline设计 图形显示的实时流程运行控制与时间统计 支持单台服务器到Torque/PBS、Slurm集群平滑升级与扩展 分析结果数据库存储，海量数据储存备份 可灵活编辑的基于Office Word语法格式的报告模板，无需编程实现 全自动完成:整合Illumina测序仪数据拆分>数据分析>分析结果/报告 多账户、多角色灵活配置、业务数据灵活授权，便捷的团队协作 分析服务器节点性能监控（CPU、内存、IO、网络）及报警功能
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发布资源于 7 月前

Gatk Germline spns-indels Pipeline 分析遗传病(耳聋)

这是GATK Best Practice系列学习文章中的一篇，本文尝试使用Gatk Germline spns-indels Pipeline来分析遗传病（耳聋）数据这次没有拿到遗传病的室间质评的数据，直接从NCBI上找一些数据来分析。NCBI上搜索deaf，点击第一条搜索结果，最后几经跳转找到数据下载页面：https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/?study=SRP218677可以看到：Targeted next generation sequencing
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发布博客于 7 月前

满分室间质评之GATK Somatic SNV+Indel+CNV+SV（下）性能优化

我们接上文：满分室间质评之GATK Somatic SNV+Indel+CNV+SV一文中实现了对于卫计委室间质评数据分析以及与满分结果的匹配。本文将着重解决，保证最终结果一致的情况下，如何优化分析性能（并行化），如何将分析时间从 3h 59m 53s缩短至 1h 10m 38s。优化的方向：实际运行GATK4.X的工具如Mutect2时，发现其运行效率相当低，从CPU占用率，内存占用，硬盘I/O都占用很低，起初自己DIY时候，将要分析的bed/interval_list文件按照染色体编号拆分（不太确定
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发布博客于 8 月前

满分室间质评之GATK Somatic SNV+Indels+CNV+SV（上）

卫计委在2017年，2019年，2020年（还没有答案）提供标准数据用于肿瘤生信分析的室间质评。这样预知结果的数据自然是不能放过了，本文尝试参考GATK Best Practice：Somatic SNVs + Indels ，Cnvkit，Manta的pipeline来完成满分流程分析，也可以使用标准数据反向判断GATK Mutect2的实际准确度,算法优劣。注：本文仅用于学习，距离真正的临床应用还有相当大距离，欢迎大佬批评指正**1. 分析流程概览如下：2. 本文用到的分析系统及分析流程文件
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发布博客于 8 月前

图形化开放式生信分析系统开发 - 1 需求分析及技术实现V2（2020.7更新）

起因/背景从2017年前开始，工作的原因接触到了NGS（高通量测序技术 High-throughput sequencing又称“下一代”测序技术"Next-generation" sequencing technology）技术和相关的生物信息学分析。应用方向是肿瘤的临床诊断，几年间随着技术的快速迭代，应用范围和模式都发生了巨大变化：从最早的肿瘤组织石蜡切片样本过渡到血液样本ctDNA（circulating tumor DNA）的检测，从单一癌种十几个基因的小Panel分析过渡到范癌种几百个基因的大
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发布博客于 8 月前

Muiii White For Linux 白色版

移植自windows下dReamix(梦梦) 的一套鼠标指针 安装，root权限下解压缩文件夹，并复制到/usr/share/icons目录下 2020-05-02 更新，修复鼠标指针错位2px 2020-04-29 更新，鼠标手型，倾斜，调整为竖直方向，Linux下默认竖直，为有几个像素操作偏移。
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发布资源于 1 年前

Muiii鼠标Cursor皮肤for Linux.zip

移植自windows下dReamix(梦梦) 的一套鼠标指针 安装，root权限下解压缩文件夹，并复制到/usr/share/icons目录下 2020-05-02 更新，修复鼠标指针错位2px 2020-04-29 更新，鼠标手型，倾斜，调整为竖直方向，Linux下默认竖直，为有几个像素操作偏移。
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发布资源于 1 年前

使用docker完成生信分析环境搭建

生信开发人员最头疼的问题，可能就是平台搭建和软件安装了。部署和迁移上要费很大力气。本文讲述使用docker制作一个镜像，后续通过导入自己定制的镜像，复制文件完成分析流程的部署和迁移。如何使用docker，推荐阅读 Docker — 从入门到实践一、准备工作首先我们需要对手头的pipeline做一个分类。为了保持docker镜像尽可能的小，不能将所有文件全部放在docker镜像里面，需要外...
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发布博客于 2 年前

图形化开放式生信分析系统开发 - 9 Illumina测序仪测序数据自动拆分

前文链接：图形化开放式生信分析系统开发 - 1 需求分析及技术实现图形化开放式生信分析系统开发 - 2 样本信息处理图形化开放式生信分析系统开发 - 3 生信分析流程的进化图形化开放式生信分析系统开发 - 4 生信分析流程的图形化图形化开放式生信分析系统开发 - 5 生信分析流程服务器端运行图形化开放式生信分析系统开发 - 6 生信分析流程批量运行与过程控制图形化开放式生信分析系统...
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发布博客于 2 年前

图形化开放式生信分析系统开发 - 8 软件稳定性测试

前文链接：图形化开放式生信分析云平台产品开发 - 1 需求分析及技术实现图形化开放式生信分析云平台产品开发 - 2 样本信息处理图形化开放式生信分析云平台产品开发 - 3 生信分析流程的进化图形化开放式生信分析云平台产品开发 - 4 生信分析流程的图形化图形化开放式生信分析云平台产品开发 - 5 生信分析流程服务器端运行图形化开放式生信分析云平台产品开发 - 6 生信分析流程批量运行...
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发布博客于 2 年前

图形化开放式生信分析系统开发 - 7 分析报告的模板定制与自动生成

前文链接：图形化开放式生信分析云平台产品开发 - 1 需求分析及技术实现图形化开放式生信分析云平台产品开发 - 2 样本信息处理图形化开放式生信分析云平台产品开发 - 3 生信分析流程的进化图形化开放式生信分析云平台产品开发 - 4 生信分析流程的图形化图形化开放式生信分析云平台产品开发 - 5 生信分析流程服务器端运行图形化开放式生信分析云平台产品开发 - 6 生信分析流程批量运行...
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发布博客于 2 年前

图形化开放式生信分析系统开发 - 6 生信分析流程批量运行与过程控制

前文链接：生信分析云平台产品开发 - 1 需求分析及技术实现生信分析云平台产品开发 - 2 样本信息处理生信分析云平台产品开发 - 3 生信分析pipeline的进化生信分析云平台产品开发 - 4 生信分析pipeline的图形化生信分析云平台产品开发 - 5 生信分析pipeline服务器端运行在上文生信分析云平台产品开发 - 5 生信分析pipeline服务器端运行 解决了...
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发布博客于 2 年前

图形化开放式生信分析系统开发 - 5 生信分析流程服务器端运行

前文链接：图形化生物信息分析系统开发 - 1 需求分析及技术实现图形化生物信息分析系统开发 - 2 样本信息处理图形化生物信息分析系统开发 - 3 生信分析pipeline的进化图形化生物信息分析系统开发 - 4 生信分析pipeline的图形化在上文图形化生物信息分析系统开发 - 4 生信分析pipeline的图形化 讨论了生信分析pipeline的图形化，如何用图形的方式显示...
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发布博客于 2 年前

图形化开放式生信分析系统开发 - 4 生信分析流程图形化设计

前文链接：自动化图形生物信息分析系统开发 - 1 需求分析及技术实现自动化图形生物信息分析系统开发 - 2 样本信息处理自动图形化开放式生信分析系统开发 - 3 生信分析pipeline的进化在上文自动图形化开放式生信分析系统开发 - 3 生信分析pipeline的进化 讨论了生信分析pipeline的进化，从手动到自动，但仍然停留在终端命令行阶段，为了让更多非生信专业的人能够使用...
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发布博客于 2 年前

图形化开放式生信分析系统开发 - 3 生信分析流程的进化

接上两篇内容，本文主要讲述工作中NGS从科研进入医学临床领域，工作中接触到生信流程，以及最终在自动图形化开放式生信分析系统开发中生信workflow设计实现的过程。接触二代测序，生信分析，那真是打开了一个新世界的大门，各种名次术语满天飞，搞的头晕脑胀。什么“什么是高通量测序/NGS”、Sanger法测序（一代测序）、外显子测序（whole exon sequencing）、mRNA测序 （...
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发布博客于 2 年前

图形化开放式生信分析系统开发 - 2样本信息处理

一、基于生信分析云平台的需求，在下图中可以看出样本信息在整个软件中的作用样本信息用于数据拆分、运行运行流程、分析报告，是整个系统的基础数据之一。下面来具体归纳一下样本信息在软件系统的作用并列出详细的数据字段：1、用于标记分析运行状态的 序号 字段名称 数据类型 作用 1 ...
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发布博客于 2 年前

图形化开放式生信分析系统开发- 1基本需求分析及技术实现

我的生信生产系统开发过程- 1简单需求分析及技术实现起因背景几张图片下面进入正题，以具体个人工作经历为例，分析归纳出需求：我司技术上，陆陆续续完成了十几个项目，十几条pipeline，生信大佬们写的那些500行的shell脚本，基本上要求使用运行人员处在一定技术水平（熟悉Linux系统，熟悉shell，perl，python，R编程中的一种），这就限制了使用范围。后来公司基于脚本的基础上也实现了部...
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发布博客于 2 年前