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图形化通用生信分析系统/平台开发

原创 使用docker完成生信分析环境搭建

生信开发人员最头疼的问题,可能就是平台搭建和软件安装了。部署和迁移上要费很大力气。本文讲述使用docker制作一个镜像,后续通过导入自己定制的镜像,复制文件完成分析流程的部署和迁移。 如何使用docker,推荐阅读 Docker — 从入门到实践 一、准备工作 首先我们需要对手头的pipeli...

2019-12-12 11:43:57

阅读数 36

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原创 图形化开放式生信分析系统开发 - 9 Illumina测序仪测序数据自动拆分

前文链接: 图形化开放式生信分析系统开发 - 1 需求分析及技术实现 图形化开放式生信分析系统开发 - 2 样本信息处理 图形化开放式生信分析系统开发 - 3 生信分析流程的进化 图形化开放式生信分析系统开发 - 4 生信分析流程的图形化 图形化开放式生信分析系统开发 - 5 生信分析流程服务器端...

2019-12-05 10:05:54

阅读数 109

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原创 图形化开放式生信分析系统开发 - 8 软件稳定性测试

前文链接: 图形化开放式生信分析云平台产品开发 - 1 需求分析及技术实现 图形化开放式生信分析云平台产品开发 - 2 样本信息处理 图形化开放式生信分析云平台产品开发 - 3 生信分析流程的进化 图形化开放式生信分析云平台产品开发 - 4 生信分析流程的图形化 图形化开放式生信分析云平台产品开发...

2019-12-02 15:46:51

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原创 图形化开放式生信分析系统开发 - 6 生信分析流程批量运行与过程控制

前文链接: 生信分析云平台产品开发 - 1 需求分析及技术实现 生信分析云平台产品开发 - 2 样本信息处理 生信分析云平台产品开发 - 3 生信分析pipeline的进化 生信分析云平台产品开发 - 4 生信分析pipeline的图形化 生信分析云平台产品开发 - 5 生信分析pipeline...

2019-12-02 14:59:10

阅读数 83

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原创 图形化开放式生信分析系统开发 - 5 生信分析流程服务器端运行

前文链接: 图形化生物信息分析系统开发 - 1 需求分析及技术实现 图形化生物信息分析系统开发 - 2 样本信息处理 图形化生物信息分析系统开发 - 3 生信分析pipeline的进化 图形化生物信息分析系统开发 - 4 生信分析pipeline的图形化 在上文图形化生物信息分析系统开发 -...

2019-12-02 14:58:02

阅读数 105

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原创 图形化开放式生信分析系统开发 - 7 分析报告的模板定制与自动生成

前文链接: 图形化开放式生信分析云平台产品开发 - 1 需求分析及技术实现 图形化开放式生信分析云平台产品开发 - 2 样本信息处理 图形化开放式生信分析云平台产品开发 - 3 生信分析流程的进化 图形化开放式生信分析云平台产品开发 - 4 生信分析流程的图形化 图形化开放式生信分析云平台产品开发...

2019-12-02 14:34:24

阅读数 70

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原创 图形化开放式生信分析系统开发 - 4 生信分析流程图形化设计

前文链接: 自动化图形生物信息分析系统开发 - 1 需求分析及技术实现 自动化图形生物信息分析系统开发 - 2 样本信息处理 自动图形化开放式生信分析系统开发 - 3 生信分析pipeline的进化 在上文自动图形化开放式生信分析系统开发 - 3 生信分析pipeline的进化 讨论了生信...

2019-12-02 14:33:18

阅读数 115

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原创 图形化开放式生信分析系统开发 - 3 生信分析流程的进化

接上两篇内容,本文主要讲述工作中NGS从科研进入医学临床领域,工作中接触到生信流程,以及最终在自动图形化开放式生信分析系统开发中生信workflow设计实现的过程。 接触二代测序,生信分析,那真是打开了一个新世界的大门,各种名次术语满天飞,搞的头晕脑胀。什么“什么是高通量测序/NGS”、San...

2019-12-02 14:32:55

阅读数 161

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原创 图形化开放式生信分析系统开发 - 2样本信息处理

一、基于生信分析云平台的需求,在下图中可以看出样本信息在整个软件中的作用 样本信息用于数据拆分、运行运行流程、分析报告,是整个系统的基础数据之一。 下面来具体归纳一下样本信息在软件系统的作用并列出详细的数据字段: 1、用于标记分析运行状态的 序号 字段名称...

2019-12-02 14:32:27

阅读数 114

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原创 图形化开放式生信分析系统开发- 1基本需求分析及技术实现

我的生信生产系统开发过程- 1简单需求分析及技术实现起因背景几张图片下面进入正题,以具体个人工作经历为例,分析归纳出需求:我司技术上,陆陆续续完成了十几个项目,十几条pipeline,生信大佬们写的那些500行的shell脚本,基本上要求使用运行人员处在一定技术水平(熟悉Linux系统,熟悉she...

2019-12-02 14:32:01

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