什么是image
ImageJ是一个基于java的公共的图像处理软件,它是由National Institutes of Health开发的。可运行于Microsoft Windows,Mac OS,Mac OS X,Linux,和Sharp Zaurus等多种平台。其基于java的特点,使得它编写的程序能以applet等方式分发。
ImageJ能够显示,编辑,分析,处理,保存,打印8位,16位,32位的图片,支持TIFF, PNG, GIF, JPEG, BMP, DICOM, FITS等多种格式。ImageJ支持图像栈功能,即在一个窗口里以多线程的形式层叠多个图像, 并行处理。只要内存允许,ImageJ能打开任意多的图像进行处理。除了基本的图像操作, 比如缩放,旋转, 扭曲, 平滑处理外,ImageJ还能进行图片的区域和像素统计, 间距,角度计算, 能创建柱状图和剖面图,进行傅里叶变换。
ImageJ是一个开放结构的软件, 支持用户自定义插件和宏。ImageJ自带编辑器, 并且导入了java的编译器,实现了简单的IDE功能, 用户可直接基于ImageJ进行图像处理。
如何下载Image
1.下载ImageJ软件
通过官方网址 https://imagej.nih.gov/ij/ 进入官网
2.点击Downlaod,进入下载界面
![f62dd5f4ceb5a876cc602af0b0ae16af.png](https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/40fa4a31d8c0b897976ab0e0d120040e.png)
3.下载后解压,解压目录下的ImageJ.exe文件便可以运行软件,打开后的软件界面如下:
![58ad29211d1e90559bf0dc5adf35d8ad.png](https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/b1389f92c03ed0f3778678ec599b0578.jpeg)
image的基本操作
Image J的基本操作主要是处理western blot条带定量问题
具体步骤如下:
(图片来自公众号实验万事屋)
1.打开一张要量化的图片如下图:
![484b6b69221f6328af932427b30a390a.png](https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/69c8a355b44e0aeb231115d539dc7fef.jpeg)
2.点击选择方形选框工具,按住左键,在图片上拖动,选择需要分析的条带区域,如图中黄色方框所示。
![5d7210ad6333436ad78c3105f459310a.png](https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/28f7f26cd5a3a04f832cd6c84ab2f8f1.jpeg)
3.依次选择,如下图,Select First Lane选项后会出现以上对话框,直接点击Yes即可:
![da987a598a67c2f3453f3b38e58f4b55.png](https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/4050b220cdffaa89c37443c97a34373a.jpeg)
当选区出现1表示选择成功:
![962a54f7d1bac193676d81cc0fd9a282.png](https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/6bfe32f4d265d2ab55a053199174569b.png)
然后选择
Analyze→Gels→Plot Lanes,就会弹出山峰样的图。
![8d0ba62c0dd7a6aa0857172112f88cc7.png](https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/951bed022ef738888d9d51a7923893ad.jpeg)
4.峰的面积即灰度值,但是这几个峰连在了一起要先把他们分开,点击直线工具,画直线。
![efd37847c5e081ee15b460435283197e.png](https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/256022d111463ec5ec07d6db6fb5764f.jpeg)
5.点击选择魔棒工具,然后分别点击每个峰的下方区域,然后就会弹出各个峰面积的结果,分别与六个条带的灰度值相对应,表示六个条带所代表的目的蛋白的表达水平。
![1b59eafbaa09dfaafad34f2a29a0b5ef.png](https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/82d84533d03cc1dba2de0e0c145b416e.jpeg)
于WB条带的灰度值定量分析还有另外一种检测方法
打开一张要分析的WB图像,可见是白底黑色条带,在Edit选项中点击Invert选项,将图像的色彩反转为黑底白色条带
![068163f8a887ee3c29c1a6bd95573276.png](https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/866f3fea3e3273b7aab2132f2b0c6161.jpeg)
![a636aa0acfd268295d3e7bde406df29a.png](https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/18dad6c1b4d393c2db7217de98c584bb.png)
点击Analyze中的Set Scale 将Unit of Length 改为pixel点击OK
![3c45298038b42fc29432d2a729fa0cf9.png](https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/0379215514cd7b082a6f59080bd37d78.png)
点击Analyze中的Set Measurements,选中Integrated density,点击OK
![e0e9eab8f39f37741dd1cbebf915a33b.png](https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/e4dc7ae0ca21bb94c8bd89967b81ac05.png)
在快捷功能栏中选择矩形框选工具,并在图像中框出第一个条带
![1138834e06072d5235fcb97f42a1586d.png](https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/79e42370e30a564c147aea86f2eb2f93.png)
之后点击Analyze中的Measure(快捷键为键盘上的m键),即可显示此带的灰度值IntDen,之后可拖动选框到下一个条带,重复该步骤即可
![c7b727ee66e14bf5e335a2276131c7eb.png](https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/b4ae8a3dbeb2c0fe098b8a4d125aaa87.png)
值得一提是IntDen和RawIntDen均具有意义,若存在不一样的情况,则在同一张条带中均应取该值。
将所有条带统计好后,便可在结果框中集中输出所有的信息了
![ccc3ee25b93c17c0a42711099626887f.png](https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/763ce4f74eff4a64ad30b6c63fb74c96.png)
![0dfff8416468237c4cbf0293ea2584d2.png](https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/f70ec02ae31b27b9eb282c9c05af9e89.jpeg)
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