ImageJ 用户手册——第一部分

开启ImageJ之旅

第一部分将介绍ImageJ的安装、检修和升级。同时也会讨论ImageJ的第三方软件——Fiji和ImageJ2。如果不探索图像处理的技术层面，就不可能记录ImageJ的所有功能，因此本部分还提供了外部资源，让有意愿的读者可以了解有关数字信号处理的更多信息。

1. 介绍

ImageJ是一个公开的Java图像处理和分析程序，其灵感来自于用于Macintosh的NIH图像。

1.1 ImageJ在运行环境和操作文件方面

• ImageJ可以在线或下载后运行，只要安装了Java 1.5或更高版本虚拟机的计算机。
• ImageJ发行的下载包支持Windows，MacOS和Linux系统。
• ImageJ可显示、编辑、分析、处理、保存和打印8位、16位和32位图像。
• ImageJ可以读取许多图像格式，包括TIFF, GIF, JPEG, BMP, DICOM, FITS和’ raw '。
• ImageJ支持堆栈（和超堆栈），一系列共享一个窗口的图像。
• ImageJ是多线程的，因此读取图像文件等耗时的操作可以与其他操作并行执行。

1.2 ImageJ在图像处理和测量计算方面

• 可以计算用户自定义选择的面积和像素值统计。
• 可以测量距离和角度。
• 可以创建密度直方图和线图。
• 支持标准的图像处理功能，如对比度处理、锐化、平滑、边缘检测和中值滤波。
• 可以进行几何变换，如缩放、旋转和翻转。
• 图像可以放大到32:1，也可以缩小到1:32。所有功能在任意倍数下均可使用。
• 支持任意数量的窗口(图像)，仅受可用内存的限制。
• 空间校准可以提供真实世界的尺寸测量，单位如毫米。也可以校准密度或灰度。

1.3 ImageJ可扩展性

ImageJ采用开放架构设计，通过Java插件提供可扩展性。自定义获取，分析和处理插件可以使用ImageJ的内置编辑器和Java编译器开发。提供用户可自己编写插件的功能让ImageJ可以解决几乎任何图像处理或分析问题。

1.4 ImageJ用户的自由权

作为公共领域的开源软件，ImageJ用户拥有Richard Stallman在1986年定义的四个基本自由：

1. 出于任何目的运行程序的自由;
2. 可以自由地研究程序如何工作，并修改它，让它按照你的意愿工作;
3. 重新分发副本的自由，用于互帮互助;
4. 改进程序的自由，并向公众发布您的改进，以便整个社区受益。

2. ImageJ安装与维护

ImageJ下载地址http://imagej.nih.gov/ij/download.html
ImageJ安装教程 http://imagej.nih.gov/ij/docs/install/
Fiji安装教程http://fiji.sc/wiki/index.php/Downloads

下载的包可能不包含最新的bug修复，因此建议在第一次安装后立即升级ImageJ。更新IJ只需要运行Help>update ImageJ…，它将在ImageJ文件夹中安装最新的ij.jar(在Linux和Windows上)或ImageJ.app(在Mac OS X上)。

2.1 ImageJ发行版

ImageJ本身并不强大：它的真正优势是大量的插件，这些插件将ImageJ的功能扩展到其基本核心之外。来自世界各地的贡献者提供的成百上千个免费插件对ImageJ的成功起到了关键作用。升级ImageJ不会更新已安装的插件。

ImageJ插件(插件，脚本和宏指令)可以从几个来源获得(ImageJ的插件页面[Help>插件…]、ImageJ信息和文档门户网站以及Fiji网站等)，使手动更新成为一项艰巨的任务。仅仅这个原因，就使得ImageJ发行版与预先组织好的附加组件集合的使用非常方便。

下面是最相关的项目列表，这些项目解决了组织和维护ImageJ的看似困难的任务，而不仅仅是其基础知识。如果你是一名生命科学家，并且对应该选择哪种发行版有疑问，就选Fiji吧。它需要大量维护，提供自动更新，改进的脚本功能，并附带强大的插件。

Fiji

Fiji是ImageJ连同Java、Java 3D和几个插件组织成一致的菜单结构的一个发行版。Fiji与ImageJ的关系就像Ubuntu与Linux一样。

Fiji的主要重点是协助生命科学的研究