2019.10.21 注:有没有人想过目前将晶体结构(如cif文件)转为lammps data的方式开源的只有msi2lmp工具,我知道的还有cif2cell工具,但是后者我知道的只能适合不包含结构复杂拓扑信息(如bond, angle, diheral)等,适用于石墨烯(rebi势,reax势只需要原子坐标就可以)等低维材料体系。其实msi2lmp转换在material studio里面通过cvff力场统计能量某种意义是不必要的,而且cvff适用的体系也有限。针对MOF这一类复杂的体系,目前没有开源的工具,可以实现从cif结构到lammps完整拓扑结构data文件的转换,我打算写一个这样的工具,无奈写代码能力着急,所以大家是否有更好的意见?还有就是,现在MOF力场太复杂了,未来开发类似于只需要原子信息的对势也会方便使用,而不需要前面耗费大部分时间来进行转换工作。
前言:最近在做MOF的分子动力学模拟,MOF-FF需要许多拓补结构的信息,如键角,二面角,成键。这跟我之前用的对势(pair interaction),譬如石墨烯的airebo势,tersoff势或者过渡金属氧化物MoS2的SW势都是不同的,所以需要从晶体结构中提取转化为lammps计算所需要的data文件,常用的方法就是通过material Studio借助lammps中的msi2lmp进行转化,(msi2lmp可以在lammps的bin文件找到),有基于windows的方法和linux系统的方法,这里转载的是基于windows的方法,无需再对msi2lmp进行编译。以下内容到注的部分均为转载自注1连接的内容:</