磁共振原理复习

1. Basic principles

1.1. 频率和磁场的关系：

$$\omega =\gamma B$$

1.2 自旋产生磁矩，在B0场下做拉莫进动。

1.3 外加脉冲(90°脉冲)产生横向磁矩，进而可以被感应线圈测量。外加脉冲垂直作用在B0场上产生新的磁化矢量，进而产生的新的场，即射频脉冲场（B1场）

1.4 因为T2弛豫的（信号变弱）存在，会有FID信号。同时会产生T1弛豫(产生的横向磁矩回归到纵向)

1.5 常见的spin-echo序列利用180°脉冲重新聚相，进而得到先升(聚相)后降(散相)的完整信号。

1.6 T1弛豫是指T1纵向信号增强的过程。T2信号是T2信号减弱的过程（也是散相的过程）

1.7 当spin-echo具有长的TR时，T1弛豫完成，纵向磁化矢量均趋于1，当spin-echo具有短的TE时，T2弛豫刚开始，横向磁化矢量均趋于1.

1.8 为什么TR也会影响到成像，因为采集往往是多个序列一起叠加的结果。当TR教短时，前一个回波的纵向弛豫尚未完成，新的90°脉冲再打下来，得到的横向磁化矢量也会变弱。

1.9 为什么水信号的T1和T2中分别呈现低信号和高信号？

首先从水信号的特点说起，水分子含有大量氢，所以磁矩较大。因而T1弛豫和T2弛豫都需要较长的时间。对于T1成像，主要依据的是不同组织的T1弛豫时间的差异，因为水分子的T1弛豫时间较长，所以相同时间内恢复的横向磁化矢量就低，进而表现出低信号。同理，对于T2加权成像，T1效应因为长得TR忽略不计，所以T2成像的对比度是由T2效应的差异所产生。但由于水分子得T2弛豫时间也较其他组织比较长，而T2弛豫过程是T2信号慢慢衰弱的过程，因为水分子T2信号衰弱地慢，进而水分子地T2信号表现为高信号。

1.10 T1/T2时间的测定：

翻转恢复序列（180°–>90°）；
multi-spin-echo（90°–>180°–>…–>180°）:长TR下不断改变TE，看什么时候T2效应消失。

1.11 MRI 硬件

1. 核心部件：从内到外：射频线圈(提供射频场B1)–>梯度线圈（提供梯度，作用在B0）–>主磁场（B0场）
2. 梯度放大器；脉冲放大器；射频源；中央管理系统（系统柜）；操作台；等等
3. 信号接受线圈（一般戴在被试表面）

2 成像（以spin-echo为例）

2.1 选层梯度：

对于z方向，MRI选择用Z方向的梯度编码。实际过程是Z方向每一层的梯度都不一样，所以对应的脉冲频率也有差异。所以每一层用一种频率的脉冲激发（实际是只有这种频率的脉冲可以激发（共振）这一层的氢质子）。所以90°和180°都需要施加梯度。

2.2.

会聚梯度：90°脉冲之后的选层梯度之后会添加一个反向梯度，即会聚梯度是因为选层梯度之后会发生散相，需要一个会聚梯度重新聚相。更具体的原因：我认为是因为每一层是存在层厚的，在这个层厚之内也存在一个梯度，不同的B0场，将会导致拉莫频率的不同，在选层方向存在一个线性的相位漂移，进而导致散相，所以需要一个反向的梯度聚相。

2.3. 频率编码：

梯度场$G_x$（此处理解为B0场和位置X之间斜率）,在x方向上，存在一个梯度场,那么X方向上的氢质子的自旋频率必然存在差异。通过傅里叶变换，不同的频率编码着不同的位置。注意，对于频率编码，我们是在选层之后添加的，在接受信号的时候也要添加，以保证频率编码。总的来说，频率编码是最简单的，因为梯度等价于频率。

2.4 采样：

对于一段叠加波。我们采集的信号往往是离散的，即为采样点。存在以下关系：$$\gamma \times G\times FOV=BW=F_{max}-F_{min}=\frac{1}{T_s}=\frac{N}{T_{ADC}}$$
等式的前半段容易理解，因为梯度等价于频率，所以带宽直接与FOV相关。$T_{ADC}$是采样的总时间，N为采样的总个数,$T_s$为每个采样点花费的时间。

2.5 相位编码：

对于z方向编码的关键是特定频率发生自旋，对X方向的频率编码的关键是不同频率可以通过傅里叶变换分离，那么对于y方向的相位编码采用的是一种驻点步进的策略。即从负到正，施加不同的梯度以$T_{phase}$的时间。同时，那么得到的每一条波，一方面包含频率编码的x方向的信息，另一方面相差一个相位编码。注意：步进一个梯度是指本来就存在一个梯度，不断给这个梯度加上恒定值，采集数据。为什么要步进呢？因为单纯的相位是无法测量的，只有当相位变成频率的时候才可以通过傅里叶变换测量，所以不断地前进一个步长，就使得原本地相位差可以表现成频率。

2.6 K空间

知道了频率编码和相位编码之后，就容易理解k空间了。所谓K空间，是每一根包含所有x方向的波的组合(即：$k=\gamma Gt$)。K空间的图像做2D 傅里叶变化可以得到2D图像。K空间的两个维度，横轴($K_{FE}:频率编码$)；纵轴（$k_{pe}$:相位编码）,K空间的每一个点都是复数形式表示的，这是因为采集的时候存在两个正交线圈。这里的设计十分精妙，这两个正交的线圈一个检测的是幅值，一个检测的是相位。所以通过傅里叶变换可以得到频域，而频域通过编码等价于空间域。
tips: k空间信号，中间频率低，周围频率高，中间是图像地主体部分，边缘时图像地细节部分。

k 空间的性质：

$k_{max}$越大，分辨率越高；$\Delta k$越小，FOV越大；
推导：$$\gamma G(FOV)=BW=\frac{1}{T_s}=\frac{N}{T_{ADC}}$$
$$k_{max}=\gamma G{T}_{ADC}=\frac{N}{FOV}=\frac{1}{pixelsize}$$

3. GRE 序列

3.1 what

使用一个梯度使得水平方向快速散相，又实用一个逆梯度来回复，进而产生回波。（产生一个频率梯度，所以会快速散相，然后再来一个相反的梯度，使得原来跑得快的位置又跑慢，进而在一个时间点上重新回合，即聚相。）
序列上简单地只有一个90°脉冲，并且可能不是90°，为了加快成像速度，往往会使用更小地翻转角。
tips：GRE序列得到的是T2star信号，这是因为没有了180°的脉冲，信号地衰减之间描述了质子横向弛豫和磁场不均匀性地叠加

3.2 翻转角的性质

翻转角主要影响T1信号，大地翻转角需要更长地TR恢复，小的翻转角往往只需要很小地TR恢复。所以我们认为小的FA，无法得到T1加权图像。

3.3 Ernst角

在确定TR、T1的之后（其实是确定TR之后，因为T1是内禀属性，而TR是扫描参数）。我们可以计算出来使得横向磁化矢量最大的翻转角，即ernst角：$$\cos =e^{-TR/T1}$$换句话说，对于参数TR和FA的设置，确定其中一个，可以自动计算出一个最优的另一个。

3.4 GRE优点

1. 快速扫描（快）
2. 单位时间信噪比高（快）
3. 改善T1/T2图像的对比。（T2star的组织差异更大）
4. 小的翻转角使得被试吸收的射频能量低（低sar值）。
5. 适合三d成像（快）
6. 各种夸斯成像，功能成像的基础；（快）

3.5 GRE缺点

1. 小角度翻转角快速扫描，信噪比低
2. 只能得到T2star图像而非真正的T2图像
3. 主磁场不均匀，此敏感性不同，水和脂肪频率不同都会引起信号衰减，特别是长TE的时候。
4. 图像对比度和自旋回波对比度不一样。

3.6 GRE伪影

1. 化学位移伪影，因为我们存在一个频率编码，但是组织本身因为化学位移存在一个梯度（通常指水分子中的质子进动频率要比脂肪分子高3.5ppm）。那么在频率编码方向上，我们是默认大家都是相同频率的氢质子，不同的频率是因为位置不同。但实际上因为化学位移本身的频率也有差异，所以往往会把脂肪向负频率梯度方向整体移动。这种现象在高场中愈发明显。
   对策：改变频率编码方向；施加脂肪移植技术；增加频率带宽；

2. 黑边伪影（勾边伪影）也是化学位移造成的，出现在水脂边界的黑线状伪影，这种伪影可以勾画出组织轮廓。
   对策：在3T设备下，因为水脂频率相差3.5PPM，因而TE取2.3ms倍数即可解决。

3. 大血管波动伪影：大血管旁边出现一串相同的血管，出现在相位编码的方向。
   对策：心电门控，流动补偿，血流上有施加预饱和带；切换相位编码方向

4. 磁化率伪影：磁化率是指物质进入主磁场后的磁化强度和主磁场的比率。特点：1.出现磁化率差别较大的界面；出现在金属物质旁边；EPI>GRE>SE；TE越长，磁化率伪影越大。
   对策：做好匀场；缩短TE；尽量用SE；缩小磁化率差异，如和低剂量顺磁性对比剂减少肠胃气体影响；别带金属异物

3.7 稳态

也是T1成像的原理
当TR小于T1弛豫时间的时候，纵向磁化矢量无法完全恢复，这个时候每一次施加脉冲之后，纵向磁化矢量都会损失一部分。但是当损失到一定地步的时候，损失的纵向磁化矢量刚好在TR时间内恢复，这时达到了稳态。我们在达到稳态的时候才开始采样（GRE）。

3.8 多脉冲梯度回波序列（Hahn回波）

两个90度脉冲产生的回波。首先第一个脉冲会将纵向磁化矢量打平（X-Y平面），然后经过时间$\tau$的弛豫，散相的磁化矢量经由另一个90°脉冲会将（X-Y平面）的磁化矢量打到（X-Z平面），在经过时间$\tau$会发生重聚焦（refocusing），进而达到成像的效果.

3.9 FFE

1个RF脉冲产生FID（T1W/T2star）
2个RF脉冲会产生自旋回波（T2w）
3个RF脉冲会产生激发回波（T2w）。
信号对比度是三种信号的总和。

3.10 其他梯度回波序列

扰相序列：用一个扰相梯度破坏残存的横向磁化矢量，有利于T1w
稳态自由进动序列（FFE）：
镜像稳态自由进动序列；
平衡式稳态自由进动；
TFE:脉冲准备梯度回波；
mFFE；

3.11 平面回波成像（Echo planar iaging）

相位编码部分的梯度使得k空间的信号向下一部分，正负交替的频率编码部分左右横向填充频率部分。往往十分快。
目前最快的MRI信号采集方式，单层图像的信号采集时间在100毫秒以内，有效TE时间比较场，有较大的R2star权重，适合脑功能成像；伪影和变形比较严重。

4 重建

本节主要介绍几种快速重建方法。

4.1 局部傅里叶变换

因为K空间是共轭对称的，所以只需要采集k空间的一部分，就可以估计出整个k空间，进而加快重建速度。

4.2 并行成像

1. PILS： 位置敏感的局部空间并行成像，通过并行多个线圈，采集不同的区域，然后进行重建。
2. SENSE： 图像域的重建，需要线圈灵敏度图谱
3. GRAPPA：在K-空间域的重建，通过找到采集数据与未采集数据之间的相关性，并用其重建剩下的数据。

4.3 压缩感知

https://zhuanlan.zhihu.com/p/22445302
压缩感知是通过将MRI信号转化到一个稀疏域，然后进行随机采样，此处的采样可以突破奈奎斯特2倍最大频率的采样定律，通过少量的随机采样重建出完整的图像。压缩感知有充分的理论证明。

4.4 深度学习

卷积神经网络，黑盒。

5 DWI(DIFFUSION WEIGHTED IMAGING)

5.1 Basic

1. 扩散加权成像:应用水分子的扩散效应；
2. 扩散程度的衡量：扩散系数；
3. 成像基本原理：添加两个对称的梯度场，理论上会先散相再聚相。但是如果在这散相聚相的过程中发生了扩散，就聚不起来了。因为扩散到了别的梯度上。
4. B值：B值是一个反应上面提到的梯度大小的度量值。B值越大，施加的正反两个梯度的强度就越大，因而对扩散的敏感度就更高，那么扩散造成的散相就更严重，进而图像的信号就比较低，SNR也低。在头部B值一般在1000左右，体部是300-800.因为头部水少。$$b={\gamma }^2{G}^2...(\Delta -t/3)$$公式不全
5. 信号和b值以及扩散系数之间存在以下关系：$$S=S_0{E}^{-ADC\times b}$$
   这里的s是指信号，ADC是扩散系数，b是b值。$s_0$是指没有梯度的图像值（T2）。显然，b值和$log(s)$成正比，斜率是扩散系数。所以通过求多个b值就可以拟合出扩散系数（表观扩散系数）。
6. DWI 对脑梗死、梗死区ADC低

5.2 DTI（diffusion tensor imaging:扩散张量成像）

1. basic
   通过改变梯度的方向计算扩散的方向。
   最简单的模型是计算9个方向的扩散（实际是6个，因为是对称的），进行特征值分解，求得特征值，特征值就是三个方向的扩散系数，这样计算的更加准确一些。
   平均ADC：三个扩散系数的平均
   FA:两两之间的NMSE
   RA:两两之间的NMSE(标准化方式不同，底为三个之和)
   VR:不怎么用

2. 定量参数：
   why？因为之前的b值与扩散系数的假设是理想状态下的（各向同性）。实际是各向异性的，因而会受到一些约束，是一个一阶导数递减的递增函数。

3. 双指数模型$$\frac{S(b)}{S_0}=V_1{e}^{-b{D}_1}+V_2{e}^{-b{D}_2}$$
   这个模型的意思是存在两个扩散系数，一个是扩散快的（血液），一个是慢的（血管外的自由水）。等等其他情况。

4. 拉伸指数模型

5. 扩散峰度成像（DKI）：DTI定量受b值得影响大，不够生物。DKI使用更多地b值和方向。目的是拟合出一个
   DKI能更加完整地反应生物组织内水分子扩散特征。本质原理略去

6. 高级得采集方法（略去）

7. 高级弥散后处理模型（）
   IVIM
   ivim-聚类
   ivim-贝叶斯模型
   NODDI
   DKI
   strecthed-exp
   FROC

5.3 DTI 处理流程

转格式–>提取B0图像–>提取大脑ROI–>涡流矫正–>配准–>计算指标–>纤维束追踪–>可视化；

6 血管造影（MRA）

血管血流得特点：正常情况是层流（匀速）；太快了是湍流(速度混乱)；阻塞（狭窄或分叉）时涡流（转圈）

6.1 流动效应

1. 磁共振信号下降
   流空效应：随机运动导致相位离散（类比DWI），高速信号丢失；自旋相位离散
2. 信号增强
   静止组织会产生部分饱和效应
3. 流动伪影
   搏动得血管造成鬼影装伪影

6.2 MRA

1. TOF(时飞法)
   流动增强效应
   流动补偿梯度回波序列（把血管变亮）
2. 相位对比法（PC）
   通过设计序列采集相位偏移，进而达到MRA
   上述两种方法比较慢，且无法真实反映血流
3. 造影剂增强MRA
   注射造影剂，使得T1弛豫大大缩减，然后采用T1加权得快速梯度回波扫描。
4. MR-DSA
   通过剪影得方式成像
5. SWI

7 常见模态（fmri， ASL, ）

7.1 fmri

1. 基本原理
   氧和的血红蛋白具有弱抗磁性，脱氧的血红蛋白具有顺磁性。脱氧的顺磁性血红蛋白会导致磁场扰乱，进而加快T2star弛豫，会导致磁共振信号的降低。在外界刺激或自发地神经元活动会导致耗氧量的增加，进而加快了血流，导致血液中的氧和血红蛋白增加，进而减缓了T2star弛豫，整体的MR信号增强。
2. 信号采集
   对于功能磁共振，采用平面回拨序列进行采集。平面回波序列介绍见上。
3. 处理方法（for REST-fmri）
   3.1 预处理
   数据格式转换–>删除前面的时间点–>slice timing–>头动校正–>配准–>平滑（smooth）–>去线性漂移–>采用0.01~0.08（or 0.1HZ）的低通滤波提取自发的神经活动–>回归协变量（头动、白质、脑脊液信号）
   3.2 指标计算
   常见的指标：ReHo:局部一致性指标；ALFF:低频振幅，激活水平指标；功能连接；等等
   3.3 统计检验
   计算得到指标之后，要对计算结果进行统计分析；常用的有，T检验，ANOVA等。注意，在做统计分析的时候必须进行多重比较校正，常见的有FDR、FWE等。
4. 处理方法（for Task-fmri）
   任务态的基本原理是血液动态学响应函数
   任务态fmri的难点在于实验设计，常见的设计范式有以下几种：
   实验设计
   组块设计；相同任务组成一个块，不同块之间相互以REST间隔，或直接交错。
   事件相关设计；点刺激，可以是规律的；也可以是不规律的；如疼痛刺激
   混合设计：电刺激组成一个块。
   根据实验需求灵活使用。
   4.1 预处理
   slice timing–>头动校正–>配准–>平滑（smooth）–>高通滤波
   4.2 统计分析
   个体水平；组水平

7.2 ASL（动脉自旋标记）

1. 基本原理
   通过空间线则行脉冲饱和流入的动脉自旋质子作为内源性的对比剂进行灌注成像。
   通常会先扫描$M_C=control$对照组，即没有灌注的图像，然后扫描灌注之后的图像。因为灌注对其进行了标记，其MR信号发生改变。因此可以达到衡量血流得效果。

2. 处理方法
   计算CBF
   配准–>归一化–>平滑–>统计分析

二 网络分析