简单双序列比对的实现

Reference URL
https://biopython.org/DIST/docs/api/Bio.pairwise2-module.html （Bio官方文档）
https://www.biostars.org/p/307285/ （论坛关于Bio中Align部分的问题）
http://www.ryxxff.com/91470.html （Biopython序列比对简要概括）
https://www.jianshu.com/p/f9179c517d4e（山东大学生物信息学教程）

序列对比过程中的罚分规则

选择的序列

名称

选择的序列是冠状病毒envelop的gene序列

• NC_045512.2:26245-26472 Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 isolate Wuhan-Hu-1, envelop genome
• NC_002645.1:24750-24983 Human coronavirus 229E, envelop genome

具体的序列info

>NC_002645.1:24750-24983 Human coronavirus 229E, envelop genome
ATGTTCCTTAAGCTAGTGGATGATCATGCTTTGGTTGTTAATGTACTACTCTGGTGTGTGGTGCTTATAG
TGATACTACTAGTGTGTATTACAATAATTAAACTAATTAAGCTTTGTTTCACTTGCCATATGTTTTGTAA
TAGAACAGTTTATGGCCCCATTAAAAATGTGTACCACATTTACCAATCATATATGCACATAGACCCTTTC
CCTAAACGAGTTATTGATTTCTAA
>NC_045512.2:26245-26472 Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 isolate Wuhan-Hu-1, envelop genome
ATGTACTCATTCGTTTCGGAAGAGACAGGTACGTTAATAGTTAATAGCGTACTTCTTTTTCTTGCTTTCG
TGGTATTCTTGCTAGTTACACTAGCCATCCTTACTGCGCTTCGATTGTGTGCGTACTGCTGCAATATTGT
TAACGTGAGTCTTGTAAAACCTTCTTTTTACGTTTACTCTCGTGTTAAAAATCTGAATTCTTCTAGAGTT
CCTGATCTTCTGGTCTAA

DNA的dotplot实现

1. 在线的server端实现
2. 本地化（未完成）

URL：http://www.bioinformatics.nl/emboss-explorer/
网站概览：

设定“word size = 2”，得到的结果如下，并不能观察到直观的关系。

设定“word size = 3”，得到的结果如下，仍然不能观察到直观的关系。但是已经比之前要稀疏很多了。