多序列比对&建树

相关链接
http://journals.sagepub.com/doi/10.3181/0903-MR-94 （冠状病毒的Minireview）
http://www.biotrainee.com/thread-2253-1-1.html （系统发育树相关）
https://blog.csdn.net/Cccrush/article/details/90695891 （详细介绍进化树的几种构建方法和原理）

目标物种和序列

物种：冠状病毒中能够感染人的7种病毒
序列来源：NCBI上已经公布的Ref序列，我们只采用了其中的6种。

相关Seq列表

多序列比对的原理和方法

相关的工具

1. ClustalX/W（前者为图形界面，后者为命令行界面）
2. T-Coffee工具
3. MultAlin工具
4. MAFFT工具
5. MEGAX工具（常用）

建树的几种方法

1. 非加权分组平均法( unweighted pair group method with arithmetic mean, UPGAM）
2. 最小进化法( minimum evolution,ME)
3. 最小二乘法( least squares,LS)
4. 邻接法 (neighbor-joining, NJ)

以上的4种方法其实都属于距离法，即通过计算各物种之间的进化距离来作为建树的依据。
实际上还有一类建树的法则：Character-based methods 特征法，这里先跳过去，日后在看（挖坑ing）。

实际操作

Muscle&ClustalW

上面的几种工具在EBI的网站上都有公布（实际上里面还有很多的工具可以实现多序列比对），我们采用了其中的MUSCLE方法+ClustalW方法+MAFFT方法，能够直接得到最终的建树结果。

相关网页：
https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/muscle/
https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/

可视化结果

Muscle：Accurate MSA tool, especially good with proteins. Suitable for medium alignments.

ClustalW：New MSA tool that uses seeded guide trees a