weixin_42357472的博客

参考：https://github.com/google/deepvariant。

参考：https://blog.csdn.net/yijiaobani/article/details/87972414Snakemake 是一个用于编写和管理工作流程的工具。它提供了一种类似于 Make 的语法，可以用来描述工作流程中的各个任务之间的依赖关系，并且可以根据需要自动调度这些任务的执行。Snakemake 通常用于生物信息学领域，但是它也可以用于其他领域。

参考：https://github.com/biopython/biopythonhttps://github.com/pysam-developers/pysam1、BiopythonDNA、RNA、蛋白数据处理参考：https://biopython.org/wiki/Documentation序列处理 Seqreverse_complement_rna和reverse_complement结果是与原序列反着的pip install pysampysam - 多种格式基因组数据（sa

流程：fastq格式处理==》sam格式比对结果==》bam格式（二进制sam）

文档案例参考：https://gseapy.readthedocs.io/en/latest/gseapy_example.html#Over-representation-analysis-by-Enrichr-web-services安装：建议安装最新版（这里安装的1.04）：https://github.com/zqfang/GSEApy/releases。

参考：https://scanpy-tutorials.readthedocs.io/en/latest/spatial/basic-analysis.html。参考：https://blog.csdn.net/Hodors/article/details/126341127。anndata是一个Python包，用于处理内存和磁盘上的带注释的数据矩阵，位于pandas和xarray之间。图片数据一般存放这里。

参考：https://zhuanlan.zhihu.com/p/537206999scanpy python包主要分四个模块：1）read 读写模块、2）pp Preprocessing 预处理模块3）tl Tools工具箱模块，包括降维聚类等算法3）pl Plotting画图模块。

基因组学告诉你可能发生什么，转录组学和蛋白组学告诉你即将发生什么，而代谢组学告诉你正在发生什么。

PyVCF是一个用于处理VCF(Variant CallFormat)文件的python库。它提供了许多功能来读取，过滤和修改VCF文件中的变异PyVCF是一个用于读取和写入VCF格式文件的Python库。主要功能包括:1、读取VCF文件：PyVCF提供了一个vcf.Reader()函数，可以用来打开并读取VCF文件。读取后的文件可以进行遍历，每个元素是一个vcf.model._Record的实例2、写入VCF文件： PyVCF提供了一个vcf.Writer()函数，用来写入VCF文件。

使用Scanpy的filter_genes函数过滤掉在少于3个细胞中表达量为0的基因，使用normalize_per_cell函数对每个细胞的基因表达数据进行标准化，使用log1p函数对基因表达数据进行log转换。3、降维: 使用Scanpy的tl.pca函数对数据进行降维，将高维的基因表达数据映射到二维或三维空间中。5、可视化: 使用Scanpy的pl.pca函数对降维后的数据进行可视化。4、聚类: 使用Scanpy的tl.louvain函数对数据进行聚类。