怎么在linux中运行gamess,科学网—GAMESS在服务器上的编译 - 木留华的博文

本文是笔者亲测可用的编译过程，服务器的系统为Centos6。类似的方法也可以用于gamess在Ubuntu等系统上的编译。

1.前期准备

1.1 获取安装包

在Gamess的官网获取授权，并在以下网址选择注册并选择合适的版本下载：http://www.msg.chem.iastate.edu/GAMESS/download/register/，一般较短一段时间内会收到回复，根据所回复的信息在以下网址下载安装包：

1.2 检查服务器中是否具备所需要的软件

rpm -qa |grep gcc(查看gfortran的版本，后面会用到)

可用whereis mkl(atlas)检查是否有相应的mathlibraries，笔者所测试的服务器中没有mkl，有atlas，但是选择atlas后创建连接时出错，故笔者在选择math libraries时填入了none，后面编译过程中Gamess自动选择了相应的libraries。

2. 解压安装包并获取root权限

当前目录为:~

$ su (之后可能需要输入管理员密码)

$ tar xzf gamess-current.tar.gz

$ chown -R root:root gamess

3.编译的过程

3.1Configure the installation

$ cd gamess

$ ./config

[enter]//代表回车

linux64

[enter]

[enter]

输入00(版本号，默认为00)，然后[enter]

输入gfortran，然后[enter]

输入1.2中确认的gfortran的版本号，如“4.1”, “4.4”等(根据个人的服务器情况而定)

[enter]

[enter]

如果1.2中确定没有mkl，则建议输入none

[enter]

[enter]

sockets

输入LIBCCHEM，然后[enter]

输入no，然后[enter]

输入exit，然后[enter]

此时gamess目录下面生成了配置文件：install.info

3.2Compile ddi

$ cd ddi

$ ./compddi

$ mv ddikick.x ..

$ cd ..

3.3Compile gamess

$ ./compall

十几分钟后object目录下面生成许多配置文件

3.4Link gamess

$ ./lked gamess 00

此时生成gamess.00.x

4.更改运行环境

建立存放临时文件的文件夹tmp，此时处于gamess目录下

$ mkdir tmp

$ vi rungms

此时点击“i” 对文件rungms中的下面这部分进行修改

set SCR=/home/mu/gamess/tmp

set USERSCR=/home/mu/gamess/tmp

set GMSPATH=/home/mu/gamess

退出时按ESC，然后按“：”并输入wq(保存修改并退出)，点击[enter]

5.测试

查看hostname

$ hostname (下面会显示服务器的主机名)

修改runall中的hostname

$ vi runall

将si.msg.chem.iastate.edu改为本机的名称(注意，只改第一个)

$ ./runall 00

这时gamess目录下会得到47个log文件，将它们移到/sob/gamess/tests/standard目录下，再运行./checktst：

$ cd tests

$ cd standard

$ ./checktst

如果最后得到“All 47 testresults are correct!”，则表示安装成功。

可键入./rungms exam01.inp 00 12 >& exam01.log &进行并行计算(12是进程数)，这里把log文件放在了gamess目录下面。

笔者提示，可用rm -f ./tmp/*命令删除临时文件。

该过程为笔者个人安装gamess的经验，每个人的机子很可能有所不同，这里难免有遗漏之处，还请批评指正。

参考网址：

GAMESS Installation Instructions for Linux.https://www.webmo.net/support/gamess_linux.html 访问日期2017.8.15.

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