pymol怎么做底物口袋表面_怎么确定小分子与蛋白的活性位点

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A:对接的时候，小分子与蛋白的活性位点是怎么选呢?参照文献么?选择的时候，活性位点有很多，是选择什么样的位点对接呢?

B:先分析你的化合物和已知底物的相似性关系，再选择合适位点。

A:我刚刚开始接触这些，不太懂，相似性关系是分析哪方面呢?

B:拓扑结构相似性，电荷分部的相似性。一类化合物能结合多个口袋的话，那结合就是竞争性的。挨个dock，最后把结果放在一起可以分析。也可以先看一下文献有没有特殊位点比如离子通道蛋白就有这种例子。主要看你的目标来定。

殷赋科技:看看我们公众号的文章，《如何确定对接口袋》。总的原则是，尽可能依靠来自实验或文献的信息来确定对接口袋，其次是软件预测。如果没有任何信息可以帮助你选择或确定唯一的对接口袋，那就全部都用，分别做对接，再分析对接结果。有条件的，再做实验验证，比如定点突变。

Mr.Nerve-中国药科大学:使用薛定谔时，如何对某一部分进行片段取代，取代成各种各样的基团，然后批量对接，这可以实现吗?

殷赋科技:MOE可以实现，不知道薛定谔能不能。

Mr.Nerve-中国药科大学:那我用MOE弄成sdf格式，然后批量对接对吗?取代片段可以自行选择吧，不一定要用内置库吧?

殷赋科技: 如果要用自己的片段库，需要处理成MOE能够使用的格式。请看MOE的说明。当然也可以先生成化合物库再对接，这就跟一般的对接流程没啥区别了。

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A:知道纳米材料的官能团和一段氨基酸序列，可以推测两者能不能发生相互作用吗?

B:可以。

A:怎么推测?

B:生物材料?