Pymol教程–蛋白结合口袋结构比较(pocket alignment)
本教程来自于 钰沐菡 https://www.bilibili.com/video/BV1zK41137VG?spm_id_from=333.999.0.0
- Step1 两个结构重叠在一起: set align 2oxr, 1yrBA
- Step2 pocket 展示, 选择与ligand距离5以内氨基酸残基 -> select active, byres all within 5 of sele (active 是选择的命名, sele要选的对象)
-Step3 展示线条: S->lines
不考虑整体结构相似的条件下
- Step1 两个结构重叠在一起: align xxx, xxx
- Step2: select active, byres all within 5 of sele (active 是选择的命名, sele要选的对象)
- Step3: 去除非极性键
- Step4: ligand的重叠,如下
- Step5: 点击原子,链接
- Step6:点解 fit 4 pairs
- Step7:分子结合在一起