非线性拟合之干物质降解率

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分类专栏： R 数据分析 文章标签： 数据分析
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评估饲料降解的公式是0rskov and McDonald (1979)提出来的，公式是

dp= a + b (1- e ^(-kd*t))

where dp,a, b,kd were
the ruminal disappearance at time t, the
rapidly soluble fraction, the potentially
degradable fraction, the constant rate of
potentially degradable fraction

本人用R写了一个小程序

#version 1.0  
#author Zhiyuan Ma ([email protected]) 
library(magrittr)
####an example for mydata
Hours	S1	S2	S4
0	0	11.77521754	10.23590473
4	1.299693422	15.85935953	15.82176361
12	6.758514555	22.04342563	25.32543241
24	38.46467412	41.38519757	34.33597764
36	45.6650358	47.31096819	48.39869438
48	51.94978279	51.82527368	49.33963538
96	63.07196892	60.0723816	58.85545715
120	66.68803506	62.15674649	62.7544118
216	69.09906598	67.83661219	65.73300005
288	71.59815267	67.86700549	66.78234577
##########
mydata <-read.table('clipboard', sep ='\t', stringsAsFactors = FALSE,header=T, check.names = TRUE
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马志远的生信笔记
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如何优雅的拟合非线性曲线
luoluo96321的博客
06-03 3419
这次真的和阿猪老师学到了，深度学习降维打击数据拟合竟然是这么的高效！某天下班，小洛在微信上忽然呼叫我：我一看好家伙，这不是手到擒来？这也太简单了，直接开整：一、curve_fit函数拟合众所周知，scipy就可以进行曲线拟合，直接开整：输出效果：某位同学一头雾水：我要的是非线性的函数，为啥出来的是一条直线？还相差这么远？二、这个表达式是合理的吗？优化的第一步：可以看到函数...
nonlinear function_matlab_非线性拟合_
10-03
MATLAB神经网络源码遗传算法优化BP神经网络-非线性函数拟合
拟合_线性拟合_非线性拟合_曲线拟合_
10-03
此程序可以用于曲线拟合。包括线性拟合以及非线性拟合。
非线性拟合工具
12-05
当前非线性拟合和多元拟合的工具较少，这是针对常用的拟合算法，开发的一款数据拟合为主的软件。包括线性拟合的各种算法，非线性拟合的各种算法，以及多元拟合的各种算法。其中提供了很多非线性方程的模型，以满足不同的需求，也可以制定自己所需要的指定非线性方程模型的，采用最先进的初始值估算算法，无需初始值就可以拟合自己想要的非线性方程模型各个模块的介绍如下。 1.线性拟合算法模块 根据最小二乘拟合算法，对输入的数据进行变量指定次方的拟合。同时可对自变量或因变量进行自然对数和常用对数的转换后再拟合。根据实际情况，开发了单调性拟合以针对各种定量分析的用途。同时开发了，针对一组数据，得到最高相关系数的自动拟合功能，由程序自动选择拟合次数以及自变量和因变量的数据格式。 2.非线性拟合算法模块 根据非线性方程的特点，开发了最先进的智能初始值估算算法，配合LM迭代算法，进行非线性方程的拟合。只需要输入自变量和因变量，就可以拟合出所需要的非线性方程。拟合相关系数高，方便快捷。并借助微粒群算法，开发了基于微粒群的智能非线性拟合算法，拟合出方程的相关系数相当高，甚至会出现过拟合现象。 3.多元拟合算法模块 根据最小二乘算法的原理开发了多元线性拟合算法，同时开发了能够指定变元次数的高次多元线性拟合。由于多元变量的情况下函数关系复杂，采用高次多元线性拟合能有效提高拟合效果而不会出现过拟合现象。同时针对每个变元可能最合适的拟合次数不一定都一样，开发了自适应高次多元拟合算法。
MATLAB用拟合出的代码绘图-mkin:R软件包，用于将具有一个或多个状态变量的动力学模型拟合到化学降解数据
05-21
MATLAB用拟合出的代码绘图麦金 将R包mkin提供计算例程对化学降解的数据的分析，包括米ulticompartment亲属ETICS根据需要形成和转化产物下降建模，或者如果几个降解隔室都有涉及。 安装 您可以从R内安装最新发布的版本： install.packages( " mkin " ) 背景 在对植物保护产品（农药），杀生物剂和其他化学品等化学物质进行法规评估时，降解数据起着重要作用。 为了评估农药降解实验，已开发了详细的指导和有用的工具，如下面的“信用和历史评论”中所述。 用法 首先，请查看为和提供的代码示例，以及包vignettes和。 文献资料 可在和处获得发布到CRAN的最新版本HTML文档。 可在中找到开发版本的文档。 特征 一般的 使用（包括平衡React）和单个一阶可逆绑定（SFORB）模型的高度灵活的模型规范，该模型将自动为观察到的变量创建两个潜在状态变量。 函数中的模型求解（正向建模）可以通过仅母体降解情况下的解析解决方案，如果仅在模型中使用简单的一阶（SFO）或SFORB动力学的基于特征值的解决方案执行，也可以使用数值执行deSolve软件包中的求解器（默
Matlab遗传算法优化的神经网络进行非线性拟合
09-08
传统的BP神经网络分类和拟合精度不高，很大原因取决于其初始化参数的随机性，导致网络陷入局部最优解或者无法拟合。本程序运用遗传算法初始化BP神经网络的参数，使网络的非线性拟合和分类精度更高。对于想要进行非线性拟合和分类却无法建立数学模型的小伙伴，通过该方法也是一个较好的办法。
用单调队列优化DP，写给自己
weixin_30347335的博客
07-11 64
单调队列是一种严格单调的队列，可以单调递增，也可以单调递减。队首位置保存的是最优解，第二个位置保存的是次优解，ect。。。 单调队列可以有两个操作： 1、插入一个新的元素，该元素从队尾开始向队首进行搜索，找到合适的位置插入之，如果该位置原本有元素，则替换它。 2、在过程中从队首删除不符合当前要求的元素。 单调队列实现起来可简单，可复杂。简单的一个数组，一个head，一个tail...
如何在GraphPad Prism中使用非线性回归拟合模型？
leroylee7的博客
12-31 3834
步骤1. 输入数据 创建一个XY工作台，并输入数据。如果在每个X值上均有重复的Y值，请格式化表格，输入重复值。 从XY表格或图中，点击快捷按钮，使用非线性回归拟合模型。或者点击“分析”并从“分析”对话框中选择。 步骤2. 选择一个模型 非线性回归使用模型拟合数据。因此，你须选择一个模型或输入一个新模型。 步骤3. 选择（或检查）初始值 非线性回归是一种迭代过程。程序必须从每个变量的估计值（处于正确“范围”内）开始，比如说在实际值的五倍以内。然后，会对这些初始值进行调整以提高拟
【数学建模+数据处理类】2021数学建模国赛B题 乙醇偶合制备C4烯烃
m0_52427832的博客
08-26 6707
由于乙醇转化率和C3烯烃选择性两者的函数表达式来自于通过物种因变量的多元回归拟合，因此可以将y1,y2拆分得到多个自变量对C4烯烃收率进行多元回归分析，将拟合成的多元回归模型作为新一轮的目标函数，从而对原有模型进行有效改进。对于C4烯烃收率来说，受到了乙醇转化率与C4烯烃转化率的系数的直接限制，因此引入方差分析，来看两个变量之间是否含有相互作用关系，从而来对C4烯烃的单目标模型进行优化。由于直接利用上述指标探究对乙醇转化率和C4烯烃选择性进行分析会造成信息重叠，形成偏差，所以采用多元线性回归进行分析。...
基于BP神经网络的非线性函数拟合
01-17
MATLAB仿真——基于BP神经网络的非线性函数拟合，非线性系统建模，可自行修改拟合函数
【JY】超详细的非牛顿流体模型使用方法
Gavinson的博客
09-19 1万+
本篇文章将详细介绍非牛顿流体函数的具体使用方法。常见的非牛顿流体有：幂律、CarreauYasuda 模型、交叉模型、Herschel-Bulkley 模型以及粘度曲线等 5 种模型。表观粘度η非牛顿流体的粘度μ随剪切速率γ′和剪切应力τ而变化，所以用流动曲线上某一点的τ与γ′的比值来表示在某一值时的粘度，这种粘度称为表观粘度，用η表示：τ=ηγ′η=τ/γ′下面将介绍各模型的参数的含义：① 幂...
你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(2022.10)
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
10-01 2989
欢迎点击上方蓝色”宏基因组”关注我们！宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一，为加强宏基因组学技术和成果交流传播，推动全球华人微生物组领域发展，中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号，联合海内外同行共同打造本领域纯干货技术及思想交流平台。公众号每日推送，工作日分享宏基因组领域最新成果、科研思路、实验和分析技术，理论过硬实战强；周末科普和生活专栏，轻松读文看片涨姿势。目前分享3000...
卷积神经网络精确率不增反降_DeepRibo：通过结合核糖体图谱信号和结合位点模式，对原核生物进行精确基因注释的神经网络...
weixin_39672396的博客
11-30 4015
声明原文参考：Jim Clauwaert, Gerben Menschaert, Willem Waegeman, DeepRibo: a neural network for precise gene annotation of prokaryotes by combining ribosome profiling signal and binding site patterns,Nucleic...
你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(1907)
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
06-30 1万+
本文“宏基因组”原创，更多文章点我跳转公众号阅读 宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一，为加强本领域的技术交流与传播，推动中国微生物组计划发展，中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号，目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。 本公众号每日推送，工作日分享宏基因组领域科研思路、实验和分析技术，理论过硬实战强；周末科普和生活专栏，轻松读文看片涨姿势。目前己分享184篇原创文...
p值校正，FDR（BH法）的实现过程
热门推荐
weixin_42480153的博客
06-18 3万+
原理：我们要看下最常用的BH法的论文 做m次无效假设作物的数量 那么，被错误地拒绝了的无效假设的比例Q=V/(V+S)=V/R 所谓的FDR值就是Q的期望值，E（Q）=E（V/R） 如果无效假设是正确的（s=0且v=r），FDR值就和FWER（familywise error rate）一样，假设v=0(结合s=0,就是说假设结果一次错误都没有出),Q就为0；如果v>0(出...
alpha多样性计算
weixin_42480153的博客
08-26 5826
library(picante) alpha <- function(x, tree = NULL, base = exp(1)) { est <- estimateR(x) Richness <- est[1, ] Chao1 <- est[2, ] ACE <- est[4, ] Shannon <- diversity(x, index = 'shannon', base = base) Simpson <- diversity(...
利用bowtie2去除宿主基因
weixin_42480153的博客
03-01 5457
从NCBI下载牛基因组，下载后gunzip解压 wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCF/002/263/795/GCF_002263795.1_ARS-UCD1.2/GCF_002263795.1_ARS-UCD1.2_genomic.fna.gz 安装bowtie2 sudo apt-get install bowtie2 构建...
beta多样性计算
weixin_42480153的博客
08-26 4424
file=c("salmonRNA.csv","salmonDNA.csv") for (j in file) { c<-read.csv(j,row.names=1,stringsAsFactors=FALSE) vegan::vegdist(t(c),method="bray") %>% ape::pcoa()->pcoa tmp<-if (is.null( pcoa$values$Rel_corr_eig)) pcoa$values$Relative_eig...
labview 非线性拟合
最新发布
02-07
它提供了一种非常方便的方法来处理非线性拟合问题。非线性拟合是一种用于拟合实验数据或者模型的数学方法，可以帮助我们找到最适合实际数据的曲线或者函数。 在LabVIEW中进行非线性拟合非常简单。首先，我们需要将...

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