PhyloPhlAn3给基因组建树

conda install -c bioconda phylophlan=3.0
phylophlan --version
PhyloPhlAn version 3.0.67 (24 August 2022)


phylophlan_write_config_file -d a -o 02_tol.cfg --db_aa diamond --map_dna diamond --map_aa diamond --msa mafft --trim trimal --tree1 iqtree --verbose 2>&1 | tee phylophlan_write_config_file.log #生成配置文件-d a会自动下载marker gene的，无需担心
phylophlan -i ../all/ --genome_extension fa -d phylophlan -f 02_tol.cfg --diversity high --fast -o output_tol --nproc 36 --verbose 2>&1 | tee logs/phylophlan.log #默认结尾是fna,用--genome_extension指定；-i输入路径即可