后面的分析中会持续用到shared文件,这个文件其实就是不带注释的otu表的倒置,本节中只进行数据分析,数据可视化留到后面。我们以以下文件为例:
1 稀释性曲线
rarefaction.single(shared=current)
生成的文件用喜欢的软件做plot图就可以,这里用libreOffice简单的看一下。
2 抽平样本(可选步骤)
count.groups(shared=current) #查看各组序列数
sub.sample(shared=current, size=最小序列数)
3 α多样性计算
summary.single(shared=current)
系统会默认计算出sobs, chao, ace, shannon和simpson值,数据导入熟悉的统计软件分析
4 β多样性计算
dist.shared(shared=current, calc=thetayc-jclass-braycurtis)
可用的描述组成相似性的距离算法有
- braycurtis - the Bray-Curtis similarity coefficient
- canberra
- gower
- hellinger
- jabund - the abundance-based Jaccard similarity coefficient
- manhattan
- morisitahorn - the Morisita-Horn similarity coefficient
- odum
- soergel
- sorabund - the abundance-based Sorenson similarity coefficient
- spearman
- speciesprofile
- structchi2
- structchord
- structeuclidean
- structkulczynski
- structpearson
- thetan - the Smith theta similarity coefficient
- thetayc - the Yue & Clayton theta similarity coefficient
pcoa(phylip=相应的dist文件)
nmds(phylip=相应的dist文件)
同时,NMDS会给出stess值和R2,stress至少<0.2才能用NMDS,本例中的stress是0.35,不适合用NMDS分析。
我们想看下个OTU对主成分的共享度,用以下命令
corr.axes(axes=对应的axes文件, shared=current, method=spearman, numaxes=3)