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RSS订阅原创 C++头文件搜索路径
C和C++中include 搜索路径的一般形式对于include 搜索的路径： C中可以通过 #include <stdio.h> 和 #include "stidio.h" ，区别是： 在UNIX系统中,尖括号告诉编译器在一个或者多个标准系统目录中找到文件 /usr/include /usr/local/include；即系统头文件所在的目录。 看看这些文件夹下是否有该头文件；如果没有，也不会检索当前文件所在路径，并将报错。 使用双引号,编译器先到当前目录查找头文件
2020-07-22 12:28:01
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原创 NV生物信息平台bencmark安装过程
问题描述:Cmake 指定高版本的gcc可以编译通过项目，但是不带测试实例，如果要安装测试实例官网给的编译参数是:-Dgw_enable_benchmarks=ON但是使用完以后并没有生成相应的测试程序只生成了readme，将make过程打印出来后可以看到readme的路径。进行cmake定位发现是否生成benchmark的测试程序是有一个if判断:再次定位这个变量:只有当cga_enable_benchmarks为真的时候才会将enable_benchmark...
2020-07-09 18:18:25
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原创 安装英伟达GenomeWorks的一些错误记录
一 环境准备项目地址https://github.com/clara-parabricks/GenomeWorks软件说明写的很清楚，要满足gcc，cmake，python，cuda的版本要求。使用了docker构建了基础环境，镜像模板为centos7,gcc4.8.5,cuda10.2,cmake2.8。除了cuda满足了要求其他都不满足，经过一系列升级后，满足了版本要求。#升级GCCgcc 升级采用了源码安装，官网下载的太慢可以使用镜像网站下载。gcc 下载地址http://
2020-07-08 13:54:08
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原创 HIP编程笔记(一)
HIP支持的API： Devices (hipSetDevice(), hipGetDeviceProperties()) Memory management (hipMalloc(), hipMemcpy(), hipFree()) Streams (hipStreamCreate(),hipStreamSynchronize(), hipStreamWaitEvent()) Events (hipEventRecord(), hipEventElapsedTime(.
2020-06-22 12:26:56
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原创 全局比对和局部比对在生物信息方面的应用
基 因学的一个主要主题就是比较 DNA 序列并尝试找出两个序列的公共部分。如果两个 DNA 序列有类似的公共子序列，那么这些两个序列很可能是同源的 。在比对两个序列时，不仅要考虑完全匹配的字符，还要考虑一个序列中的空格或间隙（或者，相反地，要考虑另一个序列中的插入部分）和不匹配，这两个方面都 可能意味着突变。在序列比对中，需要找到最优的比对（最优比对大致是指要将匹配的数量最大化，将空格和不匹配的数量最小化）。如果要更正式些，您可以确定 一个分数，为匹配的字符添加分数、为空格和不匹配的字符减去分数。.
2020-06-18 15:22:16
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原创 python 画图以时间为坐标轴
import numpy as npimport pandas as pdimport matplotlib.pyplot as pltfrom pandas import Series,DataFrameimport seaborn as snsimport matplotlib.dates as mdateimport sys#sep指定分隔符,header首行是列名,读取...
2019-06-25 08:41:24
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原创 python 画图总结
import numpy as npimport pandas as pdimport matplotlib.pyplot as pltfrom pandas import Series,DataFrameimport seaborn as snsimport sys#sep指定分隔符,header首行是列名,读取时error_bad_lines去掉报错的行df = pd.rea...
2019-06-25 08:31:10
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空空如也
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