seqkit根据基因id_seqkit的使用说明

一、序列操作。

seqkit seq [flags] file

参数:

-p, --complement 取互补序列

--dna2rna DNA to RNA

-l, --lower-case 将序列以小写字母形式输出

-g, --remove-gaps 移除组装序列中的gap

-r, --reverse 　 取反向序列

--rna2dna 　　 RNA to DNA

-u, --upper-case 将序列以大写字母形式输出

-w, --line-width int 以每行指定长度输出序列 (0 for no wrap) (default 60)

举例：

seqkit seq test.fa -w 0#将此文件fasta序列转换成一行输出

seqkit seq -w 100 test.fa#将此文件fasta序列转换成100个碱基一行输出

seqkit seq --dna2rna test.fa#将此文件fasta序列dna转换成rna

seqkit seq -w 100 -p -r test.fa#将此文件fasta序列反向互补输出,每行100碱基

二、Fasta/q之间及与tab格式互换

1、FASTQ转换成FASTA: seqkit fq2fa

举例：

seqkit fq2fa reads_1.fq -o reads_1.fa

2、FASTA/FASTQ转换成tab格式。seqkit fx2tab

举例：

seqkit fx2tab test.fa>test.fa.tab.fa

seqkit fx2tab test.fq>test.fq.tab.fq

tab格式：ID sequence