分析 做cca_方差分解分析 (VPA)：定量不同环境因子对群落变化的解释比例

什么是VPA

VPA，全称Variance Partitioning Analysis，中文成为方差分解分析，该分析的目的是确定指定的环境因子对群落结构变化的解释比例。

我们使用CCA/RDA的排序分析方法可以得到所有参与分析的环境因子对群落变化的解释比例。

那么在进行VPA时，首先就要对这些环境因子进行一个分类，然后在约束其它类环境因子的情况下，对某一类环境因子进行排序分析，这种分析也成为偏分析，即partial CCA/RDA。

在对每一类环境因子均进行偏分析之后，即可计算出每一个环境因子单独以及不同环境因子相互作用分别对生物群落变化的贡献。

分析实战

这里使用R语言vegan包的varpart()函数进行VPA分析，之后使用plot函数对结果进行可视化。

VPA是确定不同类型环境因子对群落变化的解释，那么首先就要对环境因子进行一个分类，这个类怎么分呢？

简单的说就是你自己想怎么分就怎么分，根据你研究的实际情况自己确定怎么分类。

两种环境因子分类

当分析的环境因子只有两类时，可以将两类环境因子放在不同的数据框中进行分析。

首先我们导入示例数据。

data(mite)
data(mite.env)<