i9跑mysql_跑BWA比对测试一下酷睿I9的CPU

这篇博客介绍了使用i9 CPU进行BWA比对肿瘤外显子测序数据的过程。作者通过shell脚本批量处理多个样本的比对任务,并记录了执行时间。在分析中发现一个样本的比对时间极短,推测可能由于fastq文件问题,但fastqc质控显示样本正常。最后,作者发现资源分配不足是导致问题的原因,提示了多任务调度时注意CPU线程的合理利用。
摘要由CSDN通过智能技术生成

最近给学员买了一个CPU,非常的霸气:

8905119bbbbfdaea8f918217be446467.png

查看测试数据,配对的肿瘤外显子数据,fq文件如下:

```3.5G 20:10 NPC10F-N_1.fastq.gz

3.6G 20:09 NPC10F-N_2.fastq.gz

3.2G 20:09 NPC10F-T_1.fastq.gz

3.3G 20:08 NPC10F-T_2.fastq.gz

2.7G 20:08 NPC15F-N_1.fastq.gz

2.8G 20:07 NPC15F-N_2.fastq.gz

2.8G 20:07 NPC15F-T_1.fastq.gz

2.9G 20:06 NPC15F-T_2.fastq.gz

2.8G 20:06 NPC29F-N_1.fastq.gz

2.9G 20:05 NPC29F-N_2.fastq.gz

2.4G 20:05 NPC29F-T_1.fastq.gz

2.5G 20:04 NPC29F-T_2.fastq.gz

2.0G 20:04 NPC34F-N_1.fastq.gz

2.0G 20:03 NPC34F-N_2.fastq.gz

2.2G 20:03 NPC34F-T_1.fastq.gz

2.3G 20:03 NPC34F-T_2.fastq.gz

2.1G 20:02 NPC37F-N_1.fastq.gz

2.1G 20:02 NPC

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