Python入门——爬取pubmed文献做分析

问题描述:

需要爬取BVDV相关文献做研究,主要使用参数有title,pmid,abstract。
由于有些文章没有abstract,导致爬取失败。

错误代码:

Traceback (most recent call last):
File “E:////master/pythontest.py", line 106, in
main()
File "E:/
/
//master/pythontest.py", line 88, in main
parserPmidHtmlText(html, pmid)
File "E:/
/
/****/****master/pythontest.py”, line 49, in parserPmidHtmlText
abstractTag = abstractTag[0].find_all(‘p’)
IndexError: list index out of range

问题分析:

虽然提示数组下标越界,但是实际上你看倒数第二行错误,在find_all方法调用的时候仅搜索

标签,是不对的,我们返回原网页去对比,发现没有abstract的页面使用的是标签,所以我们可以在这里用xpath方法做一个判断,或者在首页选定规则。解决办法如下:

解决办法1:

采用xpath做判断。
(时间有限,暂时搁置)

解决办法2:

在对应选项上勾选,在爬取页面上写增加一个拼接字段。
原字段:

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/?term=BCV&filter=simsearch3.fft&page=2
初始网站+搜索字段+(锁定字段)+页码

在这里插入图片描述

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要导出PubMed文献,你需要使用Python编写一个爬虫来获取PubMed文献的信息。具体步骤如下: 1. 安装所需的Python库,包括requests, BeautifulSoup和pandas。 2. 使用requests库从PubMed网站获取文献信息。你可以使用PubMed的搜索功能来获取你感兴趣的文章或主题的链接,然后使用requests库来获取链接中的HTML代码。 3. 使用BeautifulSoup库解析HTML代码,提取每篇文献的元数据。你可以从HTML代码中提取标题、作者、发表日期、摘要等信息。 4. 将文献信息存储到DataFrame中。使用pandas库来存储文献信息,并将其导出为CSV或Excel文件。 下面是一个简单的Python程序,用于获取PubMed文献信息并将其导出为CSV文件: ``` import requests from bs4 import BeautifulSoup import pandas as pd # 搜索主题 query = 'cancer' # 构造URL url = f'https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/?term={query}' # 获取HTML代码 response = requests.get(url) html = response.text # 解析HTML代码 soup = BeautifulSoup(html, 'html.parser') articles = soup.find_all('article') # 提取文献信息 metadata = [] for article in articles: # 获取标题 title = article.find('a', {'class': 'docsum-title'}).text.strip() # 获取作者 authors = article.find('span', {'class': 'docsum-authors'}).text.strip() # 获取发表日期 date = article.find('span', {'class': 'docsum-journal-citation-date'}).text.strip() # 获取摘要 abstract = article.find('div', {'class': 'docsum-content'}).text.strip() # 存储元数据 metadata.append({'Title': title, 'Authors': authors, 'Date': date, 'Abstract': abstract}) # 将元数据存储到DataFrame中 df = pd.DataFrame(metadata) # 导出为CSV文件 df.to_csv('pubmed.csv', index=False) ``` 这段代码会在你的程序所在目录下生成一个名为pubmed.csv的文件,其中包含PubMed文献的元数据。

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