在QC后,我发现下载的数据,GC含量都是双峰的,这肯定是要进行过滤的。
于是我跟着jimmy大神的教程进行过滤,使用的是trim_galore软件。
但是!服务器上没有现成的软件可以使用,而且这个是需要依赖于cutadapt和fastqc两个软件依托才可以安装使用的
我首先尝试源代码安装cutadapt
cutadapt下载源代码:https://github.com/marcelm/cutadapt
1、conda 安装成功;但调用的时候一直出问题,也找不到原因,于是换成源码安装(捂脸。。)
2、尝试源码安装:
git clone https://github.com/marcelm/cutadapt/
cd cutadapt
chmod 777 setup.py
python setup.py
然后就是遇到各种Python(报错)
作者:笺牒九州的怪咖
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来源:简书
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报错后,我发现大部分教程,都是使用conda安装的,于是我进行miniconda3安装
官网下载软件后&