蛋白质结构预测
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蛋白质结构预测
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蛋白质结构预测准确率与发展情况
一. 二级结构预测蛋白质的二级结构预测的基本依据是:每一段相邻的氨基酸残基具有形成一定二级结构的倾向。因此,进行二级结构预测需要通过统计和分析发现这些倾向或者规律,二级结构预测问题自然就成为模式分类和识别问题。蛋白质二级结构的组成规律性比较强,所有蛋白质中约85%的氨基酸残基处于三种基本二级结构状态(a螺旋、b折叠和转角),并且各种二级结构非均匀地分布在蛋白质中。有些蛋白质中含有大量的a螺...原创 2018-10-09 12:01:32 · 5052 阅读 · 0 评论 -
蛋白质二级、三级结构预测
一.蛋白质结构预测1.什么是蛋白质结构预测?蛋白质是生命活动的基本单位,其结构决定了功能,对蛋白质结构的研究有助于对其功能的研究。上世纪50年代初,Anfinsen等人提出蛋白质的空间结构是由其一级结构决定。蛋白质都是由20种不同的L型α氨基酸连接形成的多聚体,在形成蛋白质后,这些氨基酸又被称为残基。蛋白质的分子结构可划分为四级,以描述其不同的方面:• 蛋白质一级结构:组成蛋白质多肽链的...原创 2018-09-30 11:52:20 · 55813 阅读 · 2 评论 -
在线预测蛋白质结构
献给初学者:手把手教你在线预测蛋白质结构转载 2018-09-30 11:49:16 · 16833 阅读 · 0 评论 -
蛋白质功能预测
蛋白质功能预测: 相关概念:1. 重叠群(contig):基因组测序中将许多序列片段经过比对找到重叠区,从而连接成长片段,称重叠连续群,简称重叠群。2. 序列模体(motif):通常指蛋白序列中相邻或相近的一组具有保守性的残基,与蛋白质分子及家族的功能有关。3. Smith-Waterman算法:1981年,Smith 和Waterman提出的一种用来寻找并比较这些具有局部相似区域...原创 2018-09-30 10:55:30 · 24063 阅读 · 0 评论 -
蛋白质结构与功能的预测方法总结和资料汇总
转载原创 2018-09-29 22:37:29 · 30522 阅读 · 0 评论 -
从头预测法 Rosetta
一.从头预测方法从头预测,来源于拉丁文ab initio或de novo,严格的讲,这两者是有区别的,前者ab initio意思是from tlIe beginning,指基于第一性原则(6rst principles)而不依靠同源序列、数据库、二级结构等其它信息,仅靠一条蛋白质序列产生三维结构。后者de novo意思是from the new,是一个更宽泛的含义,指不需要PDB中的同源模板而是...原创 2018-10-14 20:15:06 · 9197 阅读 · 9 评论 -
计算方法预测蛋白质三级结构
一.实验方法1.X射线衍射法;2.核磁共振法;3.冷冻电子显微镜技术。缺点:三高——1).实验材料要求高;2).实验仪器造价高;3).实验耗时成本高。二.计算方法1. 同源建模法原理——相似的氨基酸序列对应着相似的蛋白质结构注意:如果目标序列与模板序列的一致度<30%,那么同源建模法将不适用。2. 穿线法原理——不相似的氨基酸序列也可以对应着相似的蛋白质结构注意...原创 2018-10-07 22:15:34 · 9451 阅读 · 0 评论 -
序列比对算法
一.生物数据库1.文献数据库:PubMed(主要是生物医学文献)2.一级核酸数据库:NCBI,ENA,DDBJINSDC:由GenBank(美国)、ENA(欧洲)、DDBJ (日本)三大核苷酸数据库组成的联合核苷酸数据库。序列的FASTA格式:第一行——大于号加名称或其他注释第二行以后——序列,每行60个字母3.一级蛋白质数据库(都是通过实验直接测定的)蛋白质序列数据库:swi...原创 2018-10-07 22:07:41 · 27087 阅读 · 2 评论