计算方法预测蛋白质三级结构

一．实验方法

1.X射线衍射法；
2.核磁共振法；
3.冷冻电子显微镜技术。

缺点：三高——1).实验材料要求高；
2).实验仪器造价高；
3).实验耗时成本高。

二．计算方法

1. 同源建模法
原理——相似的氨基酸序列对应着相似的蛋白质结构

注意：如果目标序列与模板序列的一致度<30%，那么同源建模法将不适用。

2. 穿线法
原理——不相似的氨基酸序列也可以对应着相似的蛋白质结构
注意：已知的蛋白质结构约10万个，其所具有的不同的结构拓扑只有1393个，且自2008年就没再有新的结构拓扑产生。

蛋白质的拓扑结构是指各二级结构元件（如α螺旋、β折叠等）的相继次序与其空间结构之间的关系，它也是我们将蛋白质结构进行分类、汇总以及比较的一个重要参考。

预测软件：zhang lab的I-TASSER（在连续几届CASP比赛中皆排名第一） 30+H
注：上海交通大学的沈红斌教授研究组在CASP11中取得第三名。（截至目前中国团队取得的最好成绩）

3.从头计算法
1973年《科学》Anfinsen：蛋白质的三维结构决定于自身的氨基酸序列，并且处于最低自由能状态。

预测软件：zhang lab