外显子测序
外显子(人类基因组的蛋白质编码区)占基因组的不到2%,但含有约85%的已知疾病相关变异体。
外显子测序原理
针对外显子序列设计捕获探针,与外显子DNA序列相互补。
探针上标记有生物素。
基因组DNA进行超声打断,与捕获探针杂交。
利用探针上生物素与带有链霉亲和素的磁珠结合,通过富集磁珠间接地获得全外显子测序文库。
外显子测序中4种无效数据
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外显子捕获过程中,外显子序列与探针杂交不精确(目标序列有同源序列)。
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外显子捕获些序列一部分在目标区域,另一部分是紧挨目标区域的邻近序列。
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duplication, 建库过程中,PCR扩增出相同的序列,判读依据:5‘到3’序列相同。duplication会随着测序深度增加而增加。
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双端测序,overlap。
外显子测序优点
- 比较容易达到深度测序。
- 可发现常见变异和低频突变(low allele frequency)。
- 是全基因组测序的一种经济有效的替代方案。
- 测序数据易于分析。
外显子测序缺点
- 对基因组结构突变SV 不敏感:外显子占基因组的比例比较小1%~2%。
- 对拷贝数变异CNV不敏感:外显子捕获过程中,含有很高的偶然性。
肿瘤基因测序分析中,用全基因组测序来找SV和CNV变异,外显子测序来找SNP和indel。