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RSS订阅原创 ESXi7下安装TrueNAS-SCALE-24.04
前提：BIOS中打开vt-d打开ESXi ssh服务并登录SATA控制器直通ESXi主机重新引导。
2024-06-20 10:41:03
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原创 Trinity安装全过程并解决部分报错
Trinity安装全过程并解决部分报错简单的安装方式：# Hompage : https://github.com/trinityrnaseq/trinityrnaseq/wiki# 安装sudo apt-get install trinityrnaseq# 报错# E: 无法修正错误，因为您要求某些软件包保持现状，就是它们破坏了软件# 解决一: 安装指定版本的被依赖包# 解决方法二: 使用aptitude进行安装，aptitude 会对依赖关系进行智能处理sudo apt-ge
2021-06-25 10:04:56
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原创 报错处理：找不到 -llapack/lblas
报错/usr/bin/ld: 找不到 -llapack/usr/bin/ld: 找不到 -lblas解决sudo apt-get install libblas-dev liblapack-dev
2021-05-11 15:43:50
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原创 WES分析9-过滤&注释
过滤&注释wkd=/home/lzn/WESref=/home/lzn/WES/genome/resources_broad_hg38_v0_Homo_sapiens_assembly38.fastagatk FilterMutectCalls \-R $ref\-V $wkd/mutect/GSM2653854.vcf \-O $wkd/mutect/GSM2653854.filtered.vcf#A USER ERROR has occurred: Mutect stats t
2021-03-29 01:19:55
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原创 WES分析8-深度&覆盖度
深度&覆盖度wkd=/home/lzn/WESref=/home/lzn/WES/genome/resources_broad_hg38_v0_Homo_sapiens_assembly38.fastamkdir $wkd/bamqc#qualimapmkdir $wkd/bamqc/qualimapfor sample in `cat $wkd/sample.list`doqualimap bamqc -bam $wkd/align/$sample.sorted.dedup.re
2021-03-29 01:19:25
516
原创 WES分析7-VCF
VCF方式一:samtools mpileup 和bcftools call 流程ref=/home/lzn/WES/genome/resources_broad_hg38_v0_Homo_sapiens_assembly38.fastawkd=/home/lzn/WESmkdir $wkd/vcffor sample in `cat $wkd/sample.list`dosamtools mpileup -ugf $ref $wkd/align/$sample.sorted.dedup.
2021-03-29 01:18:47
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原创 WES分析6-BaseRecalibrator
Base Recalibratorsnp=/home/lzn/WES/genome/resources_broad_hg38_v0_1000G_phase1.snps.high_confidence.hg38.vcf.gzindel=/home/lzn/WES/genome/resources_broad_hg38_v0_Mills_and_1000G_gold_standard.indels.hg38.vcf.gzdbsnp=/home/lzn/WES/genome/resources_broad_
2021-03-29 01:17:30
1316
原创 WES分析5-比对
比对cd /home/lzn/WES/genome#参考基因组位于该目录下mkdir index#hisat2 建立indexhisat2-build -p 8 -q hg38.fa.gz ./index/hg38 &#使用软件建立index使用时间较长，还是从hisat2官网下载已经建立好的indexwget https://genome-idx.s3.amazonaws.com/hisat/grch38_snptran.tar.gz#数据存储在Amazon Web Servi
2021-03-29 01:16:53
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原创 WES分析4-质控
质控#/home/lzn/WES/rawdata/mkdir qcfastqc -t 8 -o qc *.fastq &multiqc qc/firefox multiqc_report.html#查看数据质量#测序数据质量比较好直接进行后续分析#之前进行数据质控的代码cat data_id.txt| while read f1 f2; do java -jar ~/trimmomatic/trimmomatic-0.38.jar PE -threads 8 $f1.fastq
2021-03-29 01:16:05
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原创 WES分析3-数据下载
数据下载GSM2653854 HCC1-Tissue GSM2653855 HCC3-TissueGSM2746362 Healthy1-Tissue#数据下载cat SRR_Acc_List.txt |xargs -i prefetch -p {} &# 将每个sample对应的文件放入以sample命名的文件夹中#/home/lzn/WES/rawdata/ls -l ~/wendang/WES/rawdata/|grep GSM*|awk '{print $9}'|xargs
2021-03-29 01:15:32
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原创 WES分析2-分析流程
WES分析流程Data pre-processing for variant discoverymap the sequence reads to the reference genome to produce a file in SAM/BAM format sorted by coordinate.mark duplicates to mitigate biases introduced by data generation steps such as PCR amplification.re
2021-03-29 01:14:47
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原创 WES分析1-外显子测序
外显子测序外显子（人类基因组的蛋白质编码区）占基因组的不到2%，但含有约85%的已知疾病相关变异体。外显子测序原理针对外显子序列设计捕获探针，与外显子DNA序列相互补。探针上标记有生物素。基因组DNA进行超声打断，与捕获探针杂交。利用探针上生物素与带有链霉亲和素的磁珠结合，通过富集磁珠间接地获得全外显子测序文库。外显子测序中4种无效数据外显子捕获过程中，外显子序列与探针杂交不精确（目标序列有同源序列）。外显子捕获些序列一部分在目标区域，另一部分是紧挨目标区域的邻近序列。dup
2021-03-29 01:08:43
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原创 Win7+Ubuntu 双硬盘（SSD+HDD）双系统安装（一文就够）
Win7+Ubuntu 双硬盘（SSD+HDD）双系统安装本文主要记录win7+Ubuntu双系统的安装过程和注意事项。所需文件EasyBCDubuntu-18.04.2-desktop-amd64.isoDiskGenius.zip安装过程1.EasyBCD软件设置点击配置之后将如下代码粘贴进menu.lst文件中并保存退出。title Install Ubunturoot (hd0,0)kernel (hd0,0)/vmlinuz.efi boot=casper iso-sc
2021-03-28 17:15:39
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原创 Linux学习笔记 Shell编程
Shell编程1.正则表达式1.1正则表达式与通配符的区别正则表达式用来在文件中匹配符合条件的字符串，正则包含匹配。grep、awk、sed等命令可以支持正则表达式；通配符用来匹配符合条件的文件名。ls、find、cp这些命令不支持正则表达式，只能用shell自己的通配符来进行匹配。使用正则表达式是，需要留意环境中的语系，不同的语系会得到不同的选取结果。1.2基础正则表达式元字符意义*前一个字符匹配0次货任意多次.匹配除了换行符外任意一个字符^匹配行首
2020-12-14 15:23:53
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原创 利用frp内网穿透工具远程ssh连接内网服务器
利用frp内网穿透工具远程ssh连接内网服务器1.frpfrp是一款可用于内网穿透的反向代理工具，支持tcp、udp协议。与ngrok、nps、holer等相比具有搭建简单，易操作的忧点；与花生壳等一票穿透工具相比，具有不收费、不限流等优点（能白嫖为什么还要交钱[dog]）。本文主要记录下利用frp从外网ssh访问内网服务器。2.准备工作一台具有公网IP的服务器内网服务器frp 下载...
2020-07-19 15:23:42
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原创 circos报错处理：Error parsing the configuration file
circos CONFIGURATION FILE ERRORError parsing the configuration file.环境系统：Ubuntu 18.04安装 sudo apt install circos报错lzn@lzn-PC:~/CKX/gene_duplication/circos$ circos -conf circos.confdebuggroup summary 0.12s welcome to circos v0.69-6 31 July 2017 on
2020-05-09 17:41:29
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原创 Error All columns in a tibble must be 1d or 2d object
Error: All columns in a tibble must be 1d or 2d object>x <- tibble(+ ~key, ~val_x,+ 1, "x1",+ 2, "x2",+ 3, "x3"+ )Error: All columns in a tibble must be 1d or 2d objects:* Column...
2020-03-15 16:36:32
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原创 Linux学习笔记 vi与vim
Linux学习笔记 vi与vimvim全屏幕编辑器，作用是建立，编辑，显示文本文件。vim工作模式一般命令模式（command mode）进入：vi filename命令作用移动光标的方法vi filename进入0【数字】/Home移动到这一行的最前面的字符处$/End移动到这一行的最后面的字符处gg移动到这个文件的第一行，相当...
2019-03-24 11:18:26
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空空如也
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