Conda安装、配置和常用命令

Conda安装、配置和常用命令

Conda是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统，用于安装和管理软件包及其依赖关系。

特点：

• conda是使用python開發，但支援多語言如Python、R、Ruby、Lua、Scala、Java、JavaScript、C/C++、Fortran 等
• 支持多平台：Windows，Linux， Mac OS
• Linux下 非root
• 自动解决软件依赖

User guide

https://conda.io/projects/conda/en/latest/user-guide/index.html

Conda、Anaconda和Miniconda 以及mamba的关系

• conda是一个包管理器；Anaconda才是一个python发行版。虽然conda是用Anaconda打包的， 但是它们两个的目标是完全不同的。

• Anaconda and Miniconda are both Python distributions.

• Anaconda includes hundreds of packages, whereas Miniconda includes just a few.

• conda is an open source tool that comes with both Anaconda and Miniconda, and it functions as both a package manager and an environment manager.

• Mamba 只是利用c++重写部分conda的功能， 让检查冲突的效率明显提升，且可以并行下载，基本上使用方式跟conda相同，只要將conda替换成mamba即可

Installing on Linux

mkdir -p /Software/Conda/miniconda3/
cd /Software/Conda/
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh .
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -b -u -p /Software/Conda/miniconda3/

# 将bin目录添加进PATH环境变量中
echo 'export PATH=$PATH:/Software/Conda/miniconda3/bin' >> /etc/profile
source /etc/profile
conda init bash

# 默认关闭bsea环境：
conda config --set auto_activate_base false

常用命令

• 环境的创建及激活

命令	功能
conda create --name	环境的创建
conda create --prefix
conda info --envs	列出环境
conda env list	列出环境
conda activate	激活环境
conda remove -n ENVNAME --all	删除环境

• 配置镜像源

# 方式1	
vi .condarc
channels:
  - https://mirrors.sjtug.sjtu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
  - https://mirrors.sjtug.sjtu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
  - https://mirrors.sjtug.sjtu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
  - https://mirrors.sjtug.sjtu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
ssl_verify: true

命令	功能
conda config --add channels url	添加镜像源
conda config --show channels	显示镜像源
conda config --set show_channel_urls yes	搜索结果显示镜像源

• 软件的安装和卸载

命令	功能
conda search PKGNAME	搜索软件/包名称
conda install -c CHANNELNAME PKGNAME	安装
conda uninstall PKGNAME	卸载
conda install -n ENVNAME PKGNAME1 PKGNAME2
conda uninstall -n ENVNAME PKGNAME
conda update --all	更新
conda update --all -n ENVNAME

• 环境的导出和导入

命令	功能
conda export --from-history>ENV.yml	跨平台兼容
conda export ENVNAME>ENV.yml	同平台/系统
conda list --explicit>ENV.txt	同平台/系统+源
conda env create -n ENVNAME --file ENV.yml	导入
conda create -n ENVNAME --file ENV.txt