opsin&python | 化学命名与smiles转换

已于 2022-05-21 15:37:52 修改
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分类专栏： AIDD | CADD | 化学 | 生物 | 医疗 文章标签： python 开发语言 后端
于 2021-12-30 18:00:54 首次发布
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本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_43236007/article/details/122242574
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本文介绍了OPSIN，一个用于IUPAC名称到结构转换的Java库，特别关注其在有机化学命名中的高召回率和精确度。OPSIN支持将化学名称转换为SMILES、CML和InChI格式。示例中展示了如何将化学名称转化为SMILES表达式。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

OPSIN

OPSIN is a Java library for IUPAC name-to-structure conversion offering high recall and precision on organic chemical nomenclature.

Java 8 (or higher) is required for OPSIN 2.6.0

Supported outputs are SMILES, CML (Chemical Markup Language) and InChI (IUPAC International Chemical Identifier)

import os
import subprocess

def name2smi(cname):
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chemoinformatics | 有机化学反应常用试剂缩写与smiles对应表
ASKCOS博客
04-26 675
现代有机合成化学的进步极大地受益于现代有机合成试剂的发展和应用。 现代有机合成试剂的主要特点是 能够实现官能团转变的高选择性——化学选择性、区域选择性和立体选择性； 能够促进化学反应的高效性——高纯度、高产率和高效益； 能够加快绿色化学的进程——原子经济和环境友好。 因此，研究开发和巧妙应用现代有机合成试剂已经成为21世纪化学学科和化学工业发展战略中优先发展的重要课题 # Common reagents O=C(Cl)C(=O)Cl (COCl)2 CC(C)(C#N)N=NC(C)(C)C#N AIBN
chemoinformatics | 有机化合物官能团缩写与smiles对应表
ASKCOS博客
04-26 1850
官能团，是决定有机化合物的化学性质的原子或原子团。常见官能团包括羟基、羧基、醚键、醛基、羰基等。有机化学反应主要发生在官能团上，官能团对有机物的性质起决定作用，—X（X为卤原子，对于卤代烃来说，可以认为卤原子是其官能团，但有部分教材认为碳卤键为其官能团）、-OH、-CHO、-COOH、-NO2、-SO3H、-NH2、RCO-，这些官能团就决定了有机物中的卤代烃、醇或酚、醛、羧酸、硝基化合物或亚硝酸酯、磺酸类有机物、胺类、酰胺类的化学性质。 # Substituents CC(C)(COP([O-])(=O
探索化学命名的新纪元：Smiles TO iUpac Translator
最新发布
gitblog_00776的博客
09-13 726
探索化学命名的新纪元：Smiles TO iUpac Translator Smiles-TO-iUpac-Translator Transformer based SMILES to IUPAC Translator 项目地址:...
将SMILES转化为结构式的工具--SMILESDrawer介绍
xk6891的专栏
02-25 6653
我们知道,要在网页中显示专业的图形, 数学公式可以使用MathJax库, 化学方程可以使用mhchem库,这两者都是Javascript代码写的程序库, 那么,如果想显示化学结构式, 是不是也有相应的Javascript库可用呢? 如果有这样的库,是不是就可以引入到Typora中让它支持化学结构显示呢? 出于这个目的, 我在网上搜索了一遍,发现这样的库还真有好些个. 如 1) JSME (这个很牛B, Sigma-Aldrich都在用它的库 https://peter-ertl.com/jsme/) .
PySmile:用于编码解码SMILE格式数据的Python库（libsmile）
05-26
PySmile 编码/解码SMILE格式对象 基于： 和 安装： python setup.py clean build test && python setup.py install 或从pypi（ ）： pip install pysmile 用法示例： >> > import pysmile >> > o = { 'a' : 1 , 'b' : [ 2 , 3 , 4 ], 'c' : { 'd' : { 'e' : 4.20 }}} >> > b = pysmile . encode ( o ) >> > print repr ( b ) ':) \n \x03 \xfa \x80 a \xc2 \x80 c \xfa \x80 d \xfa \x80 e(fL \x19 \x04 \x04 \xfb \xfb \x80 b \xf8 \xc4 \xc6 \xc8
rdkit将已有数据：分子坐标，对应原子名称，键信息 转换为smiles格式
m0_57236802的博客
02-09 1154
您可以使用RDKit的MolFromMolBlock函数读取分子数据，并使用MolToSmiles函数将其转换为SMILES字符串。如果您需要对分子坐标、原子名称和键信息进行处理，您可以使用RDKit的其他函数和功能。例如，您可以使用GetAtomWithIdx函数读取分子中单独的原子，以便进行编辑。请注意，上面的代码将从MolBlock格式读取分子数据，然后使用MolToSmiles函数将其转换为SMILES字符串。您可以根据需要调整分子数据和代码。
化学分子的PDB文件转mol再转smiles
wangmengmeng99的博客
12-21 2984
主要利用RDKit from rdkit import Chem from rdkit.Chem import Draw from rdkit.Chem import AllChem mol=AllChem.MolFromPDBFile('mol.pdb')#将pdb表示分子转换为mol对象 molSmiles=Chem.MolToSmiles(mol)#将mol对象转换为smiles
php生成分子式,php 转化smiles为分子式
weixin_42317482的博客
04-02 415
近来在使用PHP进行结构式搜索的时候，发现获取到smiles无法进行查询操作，然后想到了转化为分子式的操作。主要是用在有机物。困难一：我在smiles 上利用正则匹配C,O。遇到了问题就是其他元素也有C字母，所以无法正确去掉C解决：我只用原来的smiles来分析有机物的组成，然后我按照有机物的结构，单独找出来C,O的数量，其余元素，简单统计一下放在后面就好了。主要分为三部分，C数目，O数目,其他元...
OpSIN:一个工具箱，用于将光遗传学激活与细胞外 ephys 相结合，以对感兴趣的光遗传学标记神经元进行spikesort
06-02
该软件包包含各种 Matlab 例程，用于提取与感兴趣的 Channelrhodopson (ChR2) 目标神经元相关的尖峰事件。 文件名称中的 1Ch 表示该函数适用于单通道电生理数据。 对于错误报告/评论/反馈，电子邮件： 主要套路： ...
OpSIN工具箱：光遗传学与电生理结合的神经元尖峰排序
OpSIN (Optogenetic Spike Identification) 是一个软件工具箱，它专为神经生物学家设计，用于从光遗传学激活与细胞外电生理记录相结合的数据中提取和识别感兴趣的神经元活动。OpSIN 主要面向使用 Channelrhodopsin-2...
OSCAR开源软件：化学论文语义注释与文本标记
OPSIN模块利用了高度复杂的命名规则和算法，将化学命名法（如IUPAC命名规则）转换为化学结构。这对于理解化学文献中化合物的详细信息至关重要，尤其是当这些信息以文本形式呈现时。此外， OPSIN作为一个独立的库，也...
OSCAR-开源
07-18
它能够解析复杂的IUPAC（国际纯粹与应用化学联合会）命名规则，将化学物质的系统命名转化为相应的化学结构。这在化学研究中非常关键，因为IUPAC命名规则复杂且冗长，手动转换结构不仅耗时，还容易出错。OPSIN的使用...
如何将短肽序列（氨基酸单字母缩写样式）转换成Smiles格式（资源汇总）
qq_18125351的博客
08-10 2769
生物信息学中常见的大分子序列数据和化学信息学中的分子描述符的转换
SMILES化学式解析
tortelee的博客
01-16 1万+
解析和匹配 一，建立对象 （一）键 package com.Demo2; import java.util.ArrayList; public class ChemicalKey { //键的名称 private String key; //键的指向的对象 private ArrayList<ChemicalElement&a
SMILES, a Chemical Language and Information System.【SMILES, 一种化学语言和信息系统。】
weixin_45928096的博客
04-28 3324
SMILES, a Chemical Language and Information System. SMILES（Simplified Molecular Input Line Entry System 简化分子输入行输入系统）是为现代化学信息处理而设计的化学符号系统。基于分子图论的原理，SMILES允许通过使用非常小且自然的语法进行严格的结构说明。SMILES符号系统也非常适合高速机器处理。由此产生的化学家易用性和机器兼容性允许设计许多高效的化学计算机应用程序，包括生成独特的符号、恒定速度（零阶）数据
SMILES：化学结构的线性表示方法
jasminefeng的博客
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cdk&java | 处理smiles表达式
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SMILES:一种简化的分子语言
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xk6891的专栏
05-03 2万+
一.什么是SMILES SMILES,全称是Simplified Molecular Input Line Entry System,是一种用于输入和表示分子反应的线性符号,是一种ASCII编码,下面看一些例子: SMILES包含的信息可能与一些扩展的源数据表相同,SMILES更适用的主要原因是它是一种语言结构，而不是计算机数据结构。 SMILES是一种真正的语言，虽然只有简单的词汇（原子和键符号)和少数语法规则。 SMILES结构表示可以反过来用作其他语...
记录用过的RDKit对化学分子不同表示方式的批量转化
weixin_49509366的博客
12-21 2833
1、将化学分子的inchi表示批量转化为分子图表示。 可以使用rdkit.Chem.inchi module的rdkit.Chem.inchi.MolFromInchi函数。常见的关于inchi表示的一些操作函数都可以在rdkit.Chem.inchi module里，但没有从Inchi直接转化为smile的函数。 #从inchi转为分子图 from rdkit import Chem with open('inchi数据.txt') as f: inchis = f.readlines()
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