Python中Gzip Nrrd文件转Nii

在Python中使用itk把Nrrd文件转为Nii文件的时候，遇到了Unsupported encoding: gzip这个提示。
下面是Python中使用itk Nrrd转Nii的原代码，供参考。

import os
from glob import glob
import numpy as np
import vtk


def readnrrd(filename):
    """Read image in nrrd format."""
    reader = vtk.vtkNrrdReader()
    reader.SetFileName(filename)
    reader.Update()
    info = reader.GetInformation()
    return reader.GetOutput(), info


def writenifti(image,filename, info):
    """Write nifti file."""
    writer = vtk.vtkNIFTIImageWriter()
    writer.SetInputData(image)
    writer.SetFileName(filename)
    writer.SetInformation(info)
    writer.Write()


if __name__ == '__main__':
    baseDir = os.path.normpath(r'G:/aurora-nrrd/')
    files = glob(baseDir+'/*label.nrrd')
    for file in files:
        m, info = readnrrd(file)
        writenifti(m,  file.replace('label.nrrd', 'label.nii'), info)

出自nrrd文件格式转NIFTI

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后面看到另外一篇文章，使用SimpleITK来进行转换，两行代码就搞定了，非常简单。

img = sitk.ReadImage("your_image.nrrd")
sitk.WriteImage(img, "your_image.nii.gz")

出自Convert nrrd to nii.gz

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还有一种方法，但是还没有尝试过。

import nrrd
import nibabel as nib
import numpy as np

# nrrd 文件保存路径
data_path=r'./data/1.nrrd'
save_path='./data/1.nii'

data,options=nrrd.read(data_path)  # 读取 nrrd 文件
img=nib.Nifti1Image(data,np.eye(4)) # 将 nrrd 文件转换为 .nii 文件
nib.save(img,save_path) # 保存 nii 文件

出自医学影像中用 python 读取 nrrd 文件，nrrd转nii，以及遇到的一些问题和解决方法