R语言和生物信息学分析技巧
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R语言的实践过程中常出现的问题的解决。
茅逗逗
人机合一,机械飞升
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Affymetrix公司芯片类型和对应平台
GPL-aff芯片原创 2022-12-12 00:36:47 · 1233 阅读 · 0 评论 -
affy包处理Affymetrix 芯片数据:3种标准化方法
芯片实验中存在大量干扰因素,标准化可以削弱这些干扰因素,使得实验条件下的测量可以相互比较,大大减小误差。affy包处理Affymetrix 芯片数据:3种标准化原创 2022-12-12 00:30:05 · 1872 阅读 · 0 评论 -
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生物信息学:bedGraph文件、Bed文件转、BAM文件转化
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如何在程序结束的时候发送email
在程序结尾放上即可原创 2022-11-28 10:52:50 · 160 阅读 · 0 评论 -
单细胞测序分析 batch effect 消除工具测评
单细胞测序分析批次效应去除工具综合测评原创 2022-11-25 17:48:56 · 632 阅读 · 0 评论 -
单细胞分析可视化工具盘点
来自英国维康桑格研究所和土耳其盖布泽的大学的研究人员对13种常用的scRNA-seq交互式分析和可视化工具进行了测评,以帮助科研人员选择更适合自身实际的数据可视化方法。附加分析功能:可视化工具的一个实用功能是可以对用户选择的细胞进行额外的分析,如细胞类型注释、差异表达分析或标记基因识别。基于web进行数据托管、发布和共享(蓝色标记):Web共享对应于托管和共享具有数据可视化功能的网页能力,而SaaS功能对应的是作者提供的工具的在线托管版本,只需要用户上传输入文件。基于web的可视化工具用户体验测评。翻译 2022-11-25 13:30:10 · 457 阅读 · 0 评论 -
彩色条带式静态诺莫图包VRPM
彩色条带式静态诺莫图包VRPM/彩色列线图原创 2022-11-17 00:03:10 · 980 阅读 · 0 评论 -
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使用duplicated函数去除重复项原创 2022-11-09 23:49:21 · 2345 阅读 · 0 评论 -
R语言超实用单一函数系列:as.formula()
as.formula()的作用:将字符串转换成公式原创 2022-06-28 12:48:08 · 1538 阅读 · 0 评论 -
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R语言为人诟病的地方很多,运行速度太慢是很突出的一点。这里介绍一种野路子的方法。原创 2022-04-22 16:09:27 · 1738 阅读 · 3 评论 -
泛癌分析·找出各个癌症的预后相关基因
泛癌分析·预后相关基因复集汇总` 其他相关文章:万物皆可pan分析·高分文章登山梯·for循环的熟练操作前言pan分析的第二篇我想写一下如何在TCGA整个基因集内实现COX单因素分析,将所有的预后相关基因筛选出来,同时得到这些基因的基本参数、统计量等信息。这样的分析的普遍性在于你可以把筛选出来的基因复集到你的目标基中。具体的应用场景如图:这张图的C说明了肿瘤相关基因在作者感兴趣的目标基因集上的(可能是你要的功能基因集合,比如代谢相关基因,免疫相关基等)富集情况。图中,肝癌对比其他癌症在代谢相关原创 2022-04-17 22:45:23 · 2177 阅读 · 1 评论