免疫浸润分析盘点(引用)

本文介绍了几种用于评估肿瘤免疫浸润的IT技术,如EPIC、xCell、IPS和TIMER等,这些工具通过计算不同免疫细胞类型的数量和活性,帮助分析肿瘤组织的免疫环境。R语言在这些分析中的应用也得到了提及。

摘要生成于 C知道 ,由 DeepSeek-R1 满血版支持, 前往体验 >

MCPcounter:通过估计微环境中不同类型免疫细胞的丰度,以及炎症程度,从而评估肿瘤免疫浸润情况。

EPIC:这是一种全基因组免疫浸润分析工具,它可以估算肿瘤样本中多种免疫细胞的含量和功能状态。

xCell:通过整合大量公开数据集,xCell可以预测肿瘤样本中多种免疫细胞类型的数量。

IPS:这是一种预测肿瘤样本中多种细胞类型丰度的算法,包括免疫细胞和非免疫细胞。

Cibersoft:它可以评估肿瘤组织中免疫细胞的丰度,并区分活跃的免疫细胞和抑制性的免疫细胞。

TIMER:它是一个在线工具,用于分析肿瘤组织中不同免疫细胞类型的丰度,并与生存率等临床信息相关联。

ssGSEA:这是一种计算免疫细胞类型得分的方法,可以用于评估免疫细胞在肿瘤样本中的活跃程度。

ESTIMATE:它可以评估肿瘤组织中免疫细胞浸润的程度,并同时考虑非免疫细胞的存在。

全文见:

R语言实现免疫浸润分析(1)_epic免疫浸润分析-CSDN博客

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