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RSS订阅原创 核酸多样性（pi）计算公式
之前发过一篇关于核酸多样性(Pi)计算的相关内容，但是没有给出具体的计算公式，而且从定义公式来看，对于一般人并不好理解，因此本次把一种理解起来更容易的公式分享下，可以到公众号内容查看。链接: 细胞器“干货”：叶绿体线粒体基因组PI计算常见疑惑. 此外，本人也用perl脚本实现了计算方法，结果和dnasp相同，源码在qq群：936427018 中获取。...
2022-02-14 17:03:08
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原创 如何检查叶绿体基因组组装结果的准确性v1
如何检查叶绿体基因组组装结果的准确性v1 有小伙伴之前问过我，怎么判断叶绿体基因组组装结果是否正确。其实判断方法主要还是依靠测序数据，基因注释只能作为辅助判断，无法起决定作用。将测序数据比对到组装的序列上，看看有没有没有覆盖到的情况，但是即使全部覆盖到了，也可能有问题，比如从一个完整的组装结果上任意截取两个不连续的子序列，然后拼接到一起，你会发现新的序列中每个碱基都会有覆盖，但是实际上连接的地方是有问题的，没有reads能够将两者连接到一起。所以直接看覆盖深度的图是无法判断每个位置是
2021-10-12 00:25:48
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原创 叶绿体基因组分析须要注意的地方（注释篇）
叶绿体基因组分析须要注意的地方（注释篇） 上期我们讲了组装问题，在组装完成后，就需要对序列进行注释了，叶绿体基因组的注释通常是经过同源比对注释的，同源注释的软件比较多，针对叶绿体基因组注释的软件也有很多，但是目前还没有一款可以得到完美注释结果的软件，所以学会自己检查注释的正确与否很重要。由于基于的是同源比对，那么参考的选择十分的重要，这里要注意一点，不是已经发表的叶绿体基因组就是正确的注释！已有的数据库中也会有很多错误注释的基因组序列，所以针对参考序列的注释，需要自己去辨别好坏。可以
2021-10-08 17:54:25
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原创 叶绿体基因组分析须要注意的地方（组装篇）
叶绿体基因组组装须要注意的地方 随着测序技术以及生信技术的发展，越来越多的叶绿体基因组被发表。本人从19年那8月份开始正式接触叶绿体基因组的组装，到今年2月份组装了接近600个叶绿体基因组，包括71+个科，157+属/种（其他的还做了动物线粒体100多个，植物线粒体30多个）。从一开始磕磕绊绊，寻求各种组装软件、流程来完成项目（但是常规叶绿体基因组只有一半左右的软件可以做出来，而且可能会存在一些错误），所以到后来几乎都是用自己写脚本辅助组装。 &n
2021-04-11 20:51:31
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原创 绘制tRNAscan-SE生成的二级结构
绘制tRNAscan-SE生成的二级结构 tRNAscan-SE是常用的tRNA预测软件，它生成的结果中以.ss结尾的文件保存着tRNA的二级结构，如何将它画出来呢？ 这里我们可以修改.ss文件的内容，并分割成单条序列，然后借用ViennaRNA软件画图。步骤如下：1 修改文件并分割： 原始.ss文件中是这样的内容： HG.trna1 (36861-36932) Length: 72 bp Type: Val Ant
2021-04-06 17:54:23
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原创 对使用misa得到叶绿体基因组SSR的结果进行注释
对使用misa得到叶绿体基因组SSR的结果进行注释关于叶绿体基因组的文章中，SSR的鉴定是一件常做的分析，文章中往往会列出每个ssr所在的基因组的位置信息，如：在某基因处，在内含子区域，或者在基因间区，那么这些信息是怎么得到的呢？诸如此类的信息：SS1p2(TA)61296629673IGS(trnR-UCU,atpA)SS1p1(A)11111233612346atpF(intron)SS1p2(TA)51019614196
2021-01-01 14:40:58
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原创 叶绿体基因组四个区连接位点可视化（IRscope+另一个画图脚本）
IRscope是一款将叶绿体基因组四个区域连接位点可视化的软件，可以本地化，也可以在线服务，具体可移驾这篇文章: IRscope:可视化叶绿体基因组四个区连接位点. 我之前用的是本地化的软件，会遇到genbank文件格式的问题，导致程序报错，或者图片生成的很奇怪，又或者文件太多，运行的太久（可能是我的配置问题）。。。正常情况下图片是好的，而且生成的是pdf格式的图片，修改起来很方便（在线服务给的图片是gpg，修改起来可能会麻烦些）。 下图是在线服务中给的两个genbank文件做的图。 em
2020-07-31 20:31:03
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原创 记录一个关于计算核酸多样性（pi）的经历（附计算pi的perl脚本）
之前在做叶绿体基因组核酸多样的时候，先是用全基因组做，选择窗口和步长使用dnasp5来求pi值。后来发现文章里放的都是编码序列和非编码序列，或者每个基因的pi值。叶绿体的编码序列一般在80个多个，如果再加上非编码区，那么有一百多个序列需要计算，手动算的话挺费时费劲的，一分钟算三个的话得近一个小时。。。作为懒人的我肯定是不愿意每天花一个小时做这样的重复工作，于是…… 我找了文章里的计算方法，发现使用的竟然全部是dnasp（难道都是一个个算的么？dnasp是windows的一款GUI软件，似乎并不能批量
2020-07-09 23:46:48
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原创 Perl : 线粒体tRNA二级结构的美化（mitos2）
线粒体tRNA二级结构的美化（mitos2）mitos2是一款动物线粒体注释的软件，可以较准确的获得线粒体的注释信息（注释结果可能需要自行调整），同时也可以获得tRNA的二级结构，在文章中常常能够看到tRNA的二级结构。...
2020-06-24 16:32:18
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空空如也
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