对使用misa得到叶绿体基因组SSR的结果进行注释

已于 2022-11-15 18:29:01 修改
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于 2021-01-01 14:40:58 首次发布
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对使用misa得到叶绿体基因组SSR的结果进行注释

关于叶绿体基因组的文章中，SSR的鉴定是一件常做的分析，文章中往往会列出每个ssr所在的基因组的位置信息，如：在某基因处，在内含子区域，或者在基因间区，那么这些信息是怎么得到的呢？
诸如此类的信息：

SS1p2(TA)61296629673IGS(trnR-UCU,atpA)
SS1p1(A)11111233612346atpF(intron)
SS1p2(TA)5101961419623rpoC2

手填的话是可以实现的，但是比较麻烦，如果数量多的话是个很大的工作量。所以可以使用脚本代替我们做这件事情。
在这里插入图片描述
实现原理很简单，只需要记录genbank中基因的位置，然后把该信息映射到每个ssr所在的位置就可以了。
需要脚本的小伙伴可加群获取哦~ 群号：636121790

Xulei0737
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