绘制tRNAscan-SE生成的二级结构

绘制tRNAscan-SE生成的二级结构

   tRNAscan-SE是常用的tRNA预测软件，它生成的结果中以.ss结尾的文件保存着tRNA的二级结构，如何将它画出来呢？
  这里我们可以修改.ss文件的内容，并分割成单条序列，然后借用ViennaRNA软件画图。步骤如下：

1 修改文件并分割：

  原始.ss文件中是这样的内容：

 HG.trna1 (36861-36932) Length: 72 bp
 Type: Val       Anticodon: GAC at 33-35 (36893-36895)   Score: 58.9
          *    |    *    |    *    |    *    |    *    |    *    |    *    |
 Seq: AGGGATATAACTCAGCGGTAGAGTGTCACCTTGACGTGGTGGAAGtCATCAGTTCGAGCCTGATTATCCCTA
 Str: >>>>>>>..>>>>.......<<<<.>>>>>.......<<<<<.....>>>>>.......<<<<<<<<<<<<.

 HG.trna2 (72828-72901) Length: 74 bp
 Type: Asp       Anticodon: GTC at 35-37 (72862-72864)   Score: 65.8
          *    |    *    |    *    |    *    |    *    |    *    |    *    |
 Seq: GGGATTGTAGTTCAATCGGTcAGAGCACCGCCCTGTCAAGGCGGAAGcTGCGGGTTCGAGCCCCGTCAGTCCCG
 Str: >>>>>>>..>>>>.........<<<<.>>>>>.......<<<<<.....>>>>>.......<<<<<<<<<<<<.

 .trna3 (73586-73672) Length: 87 bp
 Type: Ser       Anticodon: GGA at 35-37 (73620-73622)   Score: 73.6
          *    |    *    |    *    |    *    |    *    |    *    |    *    |    *    |    *
 Seq: GGAGAGATGGCCGAGTGGTtcAAGGCGTAGCATTGGAACTGCTATGTAGGCTTTTGTTTACCGAGGGTTCGAATCCCTCTCTTTCCG
 Str: >>>>>>>..>>>...........<<<.>>>>>.......<<<<<.>>>>>>....<<<<<<.>>>>>.......<<<<<<<<<<<<.

  所有的tRNA二级结构都在一个文件中，我们需要把内容改成如下形式：

>HG.-trnL-211411-211491
GCCTTGGTGGTGAAATGGTAGACACGCGAGACTCAAAATCTCGTGCTAAAGAGCGTGGAGGTTCGAGTCCTCTTCAAGGCA
(((((((..(((..........))).(((((.......))))).(((....)))..(((((.......)))))))))))).

>HG.-trnD-72828-72901
GGGATTGTAGTTCAATCGGTCAGAGCACCGCCCTGTCAAGGCGGAAGCTGCGGGTTCGAGCCCCGTCAGTCCCG
(((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).

>HG.-trnP-451564-451638
CGAGGTGTAGCGCAGTCTGGTCAGCGCATCTGTTTTGGGTACAGAGGGCCATAGGTTCGAATCCTGTCACCTTGA
(((((((..((((..........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).

  这里注意需要把每条序列单独放到一个文件中（.flod），有多少条序列就要生成多少个文件。

2 使用RNAplot画图

RNAplot -o svg   < file.flod

  到这里会生成svg格式的图片：

   以上两步已经整合到perl脚本，可以到群文件获取（QQ群：636121790），命令如下：

perl get_rnaflod_from_trnascan_ss.pl  -i sample.ss

生成后的svg格式图片可以参考之前的文章内容进行修改：Perl : 线粒体tRNA二级结构的美化（mitos2）

有问题的小伙伴可加群咨询~