根据代表性序列预测OTU/ASV生活史策略——寡营养型or富营养型

一、原理介绍

         丰富的资源会促进细菌的生长，特别是富营养型细菌的生长。快速的生长需要大量的核糖体，富营养性细菌会持有更多的核糖体RNA操纵子（number of ribosomal RNA operons, rrn）。因此我们可以根据核糖体RNA操纵子的数目来对寡营养型和富营养型细菌进行区分，而且核糖体RNA操纵子的数目在16srRNA序列上保守，因此我们可以通过分类信息对核糖体RNA操纵子数进行预测。

二、实现过程

1.对代表性序列利用RDP分类器进行分类，获得RDP注释的OTU：

java -Xmx1g -jar ./dist/classifier.jar classify -c 0.5 -o classified.txt  yourpath/rep_otus_seqs.fasta

如果命令行运行困难可使用RDP的网站进行分类注释：http://rdp.cme.msu.edu/classifier/classifier.jsp

 该RDP分类器的命令行工具可在如下网址下载：https://sourceforge.net/projects/rdp-classifier/files/latest/downloa

代表性序列长这样：

输出结果长这样：

将获得的注释数据与rrnDB数据库按从genus到domain的顺序进行比较，配对上的核糖体RNA操纵子数目（number of ribosomal RNA operons, rrn）的平均值即为该OTU的rrn。

rrnDB数据库长这样：

比对的R代码：

classified <- readLines("~/rnn_predictor/classified.txt")
rrn <- read.delim("~/rnn_predictor/rrnDB-5.7_pantaxa_stats_RDP.tsv", header=TRUE)
rrn2 <- data.frame(rank = rrn$rank,name = rrn$name,mean = rrn$mean)
rm(rrn)
taxid = rep(0,length(classified))
rnn_copy = rep(0,length(classified))
res = data.frame(taxid,rnn_copy)
for (i in 1:length(classified)) {
  str <- strsplit(classified[i],"\t")[[1]]
  str2 <- str[which(str %in% c("genus","family","order","class","phylum","domain"))-1]
  res$taxid[i] = str[1]
  for (j in (0:length(str2))){
    if (j == length(str2)){
      res$rnn_copy[i] = "NA"
      break
      }
    if(str2[length(str2)-j] %in% rrn2$name){
      print(i)
      res[i,2] = rrn2[rrn2$name == str2[length(str2)-j],3][1]
      break
    }
  }
}
write.table(res,"~/Desktop/rnn_predict.txt",sep="\t",row.names=FALSE,col.names=TRUE,quote=FALSE)

获得的结果长这样：

        这样我们就获得了每个OTU的核糖体RNA操纵子数目（number of ribosomal RNA operons, rrn），富营养型的细菌往往有高的16srRNA基因的携带数，寡营养型细菌的16srRNA基因的携带数则较低，因此我们可以根据我们预测的结果推断该OTU的生活史策略。

       修改：上面的代码写于一个月前，现在来看觉得不符合R语言的编程习惯。上述代码使用了过多的for循环，特别是嵌套的for循环，这在R语言中是不提倡的，因为当循环过多时会严重制约运行速度，因此上述代码不适用于OTU数目较多（>5000）的情况。因此对上述的R代码进行了修改，但依然保持原来的代码作为提醒，写代码时要时常问自己这和问题：代码的计算量随数据量的增加是指数增加还是线性增加？

        修改后的代码如下：

classified <- readLines("./classified.txt")
rrn <- read.delim("../rrnDB-5.7_pantaxa_stats_RDP.tsv", header=TRUE)
rrn2 <- data.frame(rank = rrn$rank,name = rrn$name,mean = rrn$mean)
rm(rrn)
#get taxonomy annotation of each OTUID from variable "classified"
strwhich <- function(xstr) {
  str <- strsplit(xstr,"\t")[[1]]
  return (c(str[1],str[which(str %in% c("genus","family","order","class","phylum","domain"))-1]))
}
a <- lapply(classified,strwhich)
#get rnn copies by mapping taxonomy information of each OTUID to rrn database
maptax2rnn <- function(xstr){
  n <- tail(which(unlist(lapply(xstr,function(x) x%in%rrn2$name))),1)
  return(c(xstr[1],rrn2$mean[which(rrn2$name == xstr[n])[1]]))
}
b <- lapply(a, maptax2rnn)
#transform the data type to matrix
res <- matrix(unlist(b),nrow=length(b),ncol=length(b[[1]]),
              byrow=TRUE)
colnames(res)<-c("OTUID","rnn_copies")

write.table(res,"./rnn_predict.txt",sep="\t",row.names=FALSE,col.names=TRUE,quote=FALSE)

可通过以下资源重复上述过程：

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更多R语言分析微生物生态学的资源可参考如下链接：

微生物共现网络与群落构建分析https://mianbaoduo.com/o/works/240342

参考文献：

1. Exploiting rRNA operon copy number to investigate bacterial reproductive strategies

2. Nutrient supply controls the linkage between species abundance and ecological interactions in marine bacterial communities

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