CT影像数据(nrrd文件和dicm文件)的读取和预处理

说点题外话：最近参加了一个学院老师的创新项目（其实早就参加了，咸鱼划水到了现在才动 ），内容是使用机器学习算法对肾癌CT影像数据进行预测，所以就有了第一步–数据预处理（给自己挖了一个大大的坑 ），就一个数据预处理代码我写了一个多星期，我也是服了我自己了。数据保密，大家就不要想找我要数据了，我是不会给的，这个博客只是用来记录一下我的惨淡经历。

数据处理过程中遇到的坑：

1、由于自己第一次接触医学，第一次用代码实现CT数据预处理，所以都是从网上现学现用，从如何读入$nrrd$文件到学长教我如何实现$dicm$文件数据的有效读入（这里面涉及到的知识点我忘记了，我还傻乎乎的调用了$python$读$dicm$文件的库函数，后来学长指出我的错误，索性我就直接用了学长的读$dicm$文件的函数），注意是需要归一化操作的。

2、一开始我基本实现了功能之后我就没管挂机了，后面我组长（和我一起进行数据预处理工作，她要是有博客的话我就@她了，一个超好看的妹子 ），比对结果图和用软件打开的原图时发现有很大的问题（遇事不要慌，有问题就解决问题 ），切出来的肾癌部分完全对不上，而且纹路也不对，然后我就陷入了无穷的调$bug$中，但是始终不知道哪错了，其实现在回想起来当时应该发现第3条里面的错误的，但是并没有（因为自己懒 ），于是尝试失败！

3、之后向学长汇报结果，请教学长时，学长跟我们（我和前面提到的组长妹子）说，图片横纵坐标是反的，然后从$nrrd$文件对应的$dicm$索引不是正向对应的，而是反向的（不是$i$到$i$的，而是$i$到$len-1-i$的），我幡然醒悟，原来我是这里没注意啊，赶紧又是滚回去调$bug$。

4、经历过第3点的指点之后，我花了将近一周的时间（其实并没有，中间有上课的）修$bug$，然后对比结果图和软件打开的图，自我感觉应该没问题了，扔给组长仔细全面对比去了（其实是因为我电脑上的软件不知道为啥抽风了，不方便比对），然后组长妹子对比完之后告诉我还是不对，肾癌纹路不对，我懵逼，不知道为啥不对的情况下决定先确定一个事情----我没有切错帧（因为CT图是空间上的切片，所以大多数情况下前后帧差别不大），于是我经过不断地调代码跑图扔给组长（其实我也有对比的），最后总算是确定没有切错帧。这个时候问题来了，帧没错但是肿瘤部分纹路还是不对（我们的预处理是保留肿瘤部分，非肿瘤部分置为黑色背景色），我想了好久都没有想出来到底为啥。

5、在晚上睡不着的时候脑子里无意闪现出一个方法验证：因为肿瘤区域太小了不好比对，我们为何不反向操作，把肿瘤部分置为黑色，其他部分保留原色，这样不是可以同步解决两个问题：一个是4中的切错帧的问题，一个是为啥会纹路不对的问题。第二天就试了试我的想法，运行出来的效果图确实可以解决目前遇到的问题，错误一目了然：每个病人的图效果是反的（我把第一张图肿瘤的位置放在了最后一张图上去切，难怪会帧对纹路不对），仅花了半天就修好了我的$bug$（脑子果然是个好东西 ），切出来的效果图也没出错了。（真的是难为我的组长了 ）

6、目前效果图存在一点点小瑕疵：切出来的图感觉带上了一层蒙蒙的灰一样，清晰度没有软件的高（由于我不是搞计算机图形学的我不太懂），如果有哪位博主知道为什么以及怎么解决，本人万分感激，欢迎评论区留言讨论。

以下是我$python$代码实现的数据预处理，大部分都有解释，虽然我已经优化了代码的复杂度了，但是代码写得还是不够优美，实在抱歉，有困惑的地方欢迎留言：

# 从nrrd原图图像中单独切出肿瘤区域，寻找合适肿瘤图片尺寸并放置中心位置
# !!!注意请使用绝对路径，并且路径不要包含中文
import os;
from PIL import Image
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
import nrrd
import pydicom
from scipy import ndimage
import cv2