python医学图像读取,医学图像——数据读取和预处理

医学图像——数据读取和预处理

医学图像——数据读取和预处理

目录

3D图像读取

1、ITK-SNAP 软件

2、python包读取

(1)nii数据——SimpleITK

(2)nrrd数据

图形预处理

1、归一化处理

2、裁剪、旋转、翻转

3D图像读取

目的：获取array数据，转为tensor数据

(1)nii数据——SimpleITK

import numpy as np

import os

import glob

import SimpleITK as sitk

from scipy import ndimage

import matplotlib.pyplot as plt

# LiST数据集为例，data是volume，lable是segmementation，nii格式

# 加r，可以将路径转换为原始字符串，不用变为‘\\’

data_path = r'E:\project\Master-1\code\3DUNet-Pytorch\preprocess\fixed\data'

label_path = r'E:\project\Master-1\code\3DUNet-Pytorch\preprocess\fixed\label