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RSS订阅原创 服务器免密登录
在日常学习工作中，我们经常需要连接远程服务器，每一次输入密码都很麻烦，或者是服务器本身设置就是必须免密登录，所以今天我就交大家如何免密登录，以及如何在xshell和vs code 中配置。
2023-07-14 13:43:40
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原创 循环构建多因素模型
循环构建多因素模型目前在数据处理时，经常会使用到回归模型。有时你的自变量比较多，不想一个一个打，就需要构建循环模型。循环模型根据单因素分析还是多因素分析，分为每次循环一个变量和每次循环多个变量。每次循环一个变量的方法已经有人分享过了https://www.jianshu.com/p/f697056f5b60。我就分享下如何构建多个因素的循环模型。以线性模型为例m是你的数据，形式如下通过循环构建完整公式library(stringr)h<-colnames(m) ###### 读入所
2021-04-19 10:20:38
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原创 几种常用的差异分析方法简介
几种常用的差异分析方法简介如今在生物学研究中，差异分析越来越普遍，也有许多做差异分析的方法可供选择。但是在实际应用中，大多数人不知道该使用哪种方法来处理自己的数据，所以今天我就来介绍下目前几种常用的差异分析方法及其适用场景。1.方差分析、T检验、卡方检验、秩和检验其实核心的区别在于：数据类型不一样。如果是定类和定类，此时应该使用卡方分析；如果是定类和定量，此时应该使用方差或者T检验。方差和T检验的区别在于，对于T检验的X来讲，其只能为2个类别比如男和女。如果X为3个类别比如本科以下，本科，本科
2021-04-06 11:01:30
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原创 各种HIC处理数据之间的相互转化
各种HIC处理数据之间的相互转化目前HI-C数据研究比较火爆，出现了各种各样的工具来分析HI-C。这些工具各有优缺点，而且对应的有不同的下游处理工具。但这些工具的结果数据格式大相径庭。如 juicer的.hic，hic-pro的六列文件，cool，hdf5，homer等。这些文件格式的不同给数据处理也带来了一定的困难。之前我已经介绍过Hic-pro的结果文件转化为.hic文件，在juicebox中实现可视化，今天我就拓展下数据转化的范围。今天我们用到的是HiCExplorer1,安装HiCExpl
2021-01-25 16:25:59
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原创 Hic-pro的结果文件转化为.hic文件，在juicebox中实现可视化
hic数据经过Hic-pro处理后，会生成allvalidpairs文件，这是所有有效配对的文件。一般想要可视化的话，比较复杂。这时我们就可以把它转化为.hic文件，放到juicebox中就很好的可视化。juicer中的pre命令是用来做这个事情的。只要你的数据符合pre命令处理的格式，这个就很简单。具体用法:https://github.com/aidenlab/juicer/wiki/Pre但有时我们的Hic-pro的结果文件不符合pre的格式，就需要使用hicpro2juicebox.sh这个脚本
2021-01-04 19:44:58
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原创 使用wget下载GEO数据
我们有时需要下载GEO数据，使用getGEO的话比较麻烦，特别是当我们只需要其中某一两个文件时。但是当我们直接复制文件链接，使用wget下载时，却只能下载当前的网页。经过我的摸索，终于找到了可以使用wget下载GEO数据的方法。首先在GEO数据库中找到你需要下载的数据右键复制链接地址打开链接在线转换，进行链接转化复制真实地址，在新标签页打开再右键复制所需文件的链接这时就可以使用wget进行下载了wget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/sa
2021-01-04 19:43:44
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原创 Hic-pro 的安装
Hic-pro 的安装目前处理Hi-c数据的工具主要是Hic-pro和juicer。juicer相对来说更好用一些，因为更加流程化一些。(具体使用方法见《HIC数据介绍及相关分析》）但鉴于Hic-pro依然有很多人在使用，所以我就来介绍下它的安装。1.HiC-Pro的安装1.1.打开linux系统1.2.首先安装canda命令（如果有的话，可以跳过此步,但是建议重新安装）wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda2-latest-Linu
2021-01-04 19:42:39
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空空如也
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