使用wget下载GEO数据

最新推荐文章于 2023-02-19 13:34:02 发布
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我们有时需要下载GEO数据，使用getGEO的话比较麻烦，特别是当我们只需要其中某一两个文件时。但是当我们直接复制文件链接，使用wget下载时，却只能下载当前的网页。

经过我的摸索，终于找到了可以使用wget下载GEO数据的方法。

首先在GEO数据库中找到你需要下载的数据

image-20201118163453951.png

右键复制链接地址

image-20201118163600891.png

打开链接在线转换，进行链接转化

image-20201118163651684.png

复制真实地址，在新标签页打开

image-20201118163834342.png

再右键复制所需文件的链接

image-20201118163928932.png

这时就可以使用wget进行下载了


wget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/samples/GSM3930nnn/GSM3930268/suppl/GSM3930268_FHC-2_hic_allValidPairs.txt.gz
weixin_43551076
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GEOcrawler:从 GEO 检索信息的网络爬虫
06-25
所有文件都是使用wget从 GEO 下载的。 随后，使用dos2unix将它们转换为unix文件格式。 除了常见的文本处理工具之外没有其他依赖项： cat 、 grep 、 wc等... 我该如何设置？ 克隆此存储库并更新您的路径或符号链接...
Linux用wget批量下载GEO数据
Senoh的博客
06-20 3438
一,什么是wget? 几乎每台linux必装的一个下载软件,当然for windows也有,不过没用过这里不作讨论了.wget是GNU的一个软件,说到GUN又得说起UNIX操作系统了,考古开讲工作这里也不展开了. 这是wget官网大家有兴趣去看一下GNU Wget 这是操作手册(说明书)GNU Wget 1.21.1-dirty Manual,很齐全,个人也没完全系统学习过,毕竟使用需求不深,知道常用命令就好. *下载数据除此外还有一些其他软件可以试试 prefetch 全称SRA Toolkit -
Linux下载GEO数据,教你3种方法下载NCBI GEO数据
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05-12 5319
1.常规下载方式：prefetch对于常规下载sra数据来说，NCBI提供了它自己的一套工具(SRA-Toolkit)，其中用prefetch来下载数据，用fastq-dump来解压数据。1.1 首先需要获取数据信息一般来说，我们需要下载的数据都是来自于文献已经发表的，在文献中都会给一个GEO号，它长这个样子GSE106826。 然后我们就可以直接到GEO DataSets中去搜索该数据集中的数据...
使用wget批量下载geo数据集的全部文件 linux下载geo数据 geo处理的数据不是下载原始数据 Linux如何下载ftp文件 geo ftp geo ftp下载 geo下载
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01-02 1327
发现其文件有点多，而且一个文件 就67G了，在自己的电脑里面操作的可能性很小，所以就直接去服务器处理吧。当然了，后续的分析才是苦难的开始，虽然咱有普通atac-seq技术打底，学一个新技术会很快，但该有的挫折感并不会少！wget: unable to resolve host address 无法解析主机host地址解决办法。感兴趣的小伙伴也可以跟我一样，批量下载它们的结果，然后开启下游分析哦！一个很简单的shell脚本，就可以得到全部文件如下所示；发布于 2021-09-30 23:21。
Ubuntu如何下载geo的数据 Linux下载geo R安装Cairo
生信小博士的博客
02-13 329
参考：https://www.cnblogs.com/payton/p/5391680.html。Cairo基本库安装。
geo 下载 从Linux系统下载geo的处理后的数据 非原始数据tar
生信小博士的博客
02-10 286
【代码】geo 下载 从Linux系统下载geo的处理后的数据 非原始数据。
（重置青春版）结合在线网站wget批量下载单/多类疾病的多个样本GEO矩阵数据
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08-01 492
一个妇孺皆知的，强大的下载工具不过多介绍了，小白可参考之前发布的批量下载原始数据那篇文章，这篇主要是一个病种多个GEO数据的下载。
linux ftp下载geo,高通量数据下载还能这样操作?
weixin_33644222的博客
05-05 818
本文属于转录组入门系列(RAN-seq基础入门传送门 http://www.biotrainee.com/thread-1750-1-1.html)第2部分内容，以一篇Nature文章为例，详细解读如何从NCBI下载高通量测序数据。文章AKAP95 regulates splicing through scaffolding RNAs and RNA processing factors. Nat...
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wget是一个强大的网络下载工具，它允许用户从互联网上下载文件，包括GEO（Gene Expression Omnibus）数据库中的数据。GEO是一个公共生物信息学数据库，存储着大量的基因表达数据。如果你想要使用wget下载GEO数据，首先需要访问GEO的FTP服务器，通常使用GEO的系列标识符（如GSE12345）来定位具体的数据文件。 以下是如何使用wget下载GEO数据的基本步骤： 1. **打开终端**：在Linux或Mac操作系统中，打开终端或命令提示符。 2. **导航到下载目录**：使用`cd`命令切换到你希望保存数据的目录。 3. **登录GEO FTP服务器**：如果需要身份验证，可以在终端中输入`ftp <geo.ftpserver>`，然后使用`user`和`pass`命令输入用户名和密码（注意这是明文传输，请谨慎操作）。 4. **查找数据文件**：在FTP服务器中，通常在`/pub/gene_expression Omnibus/`目录下找到GEO数据。你可以使用`ls`命令列出文件夹内容，或者通过GEO系列标识符来搜索。 5. **下载文件**：找到你需要的数据文件后，比如`GSE12345_series_matrix.txt.gz`，使用`get GSE12345_series_matrix.txt.gz`命令下载。 6. **提取压缩文件**：如果数据是压缩的（如.gz），可以使用`gunzip`命令解压。 7. **确认下载**：检查文件是否已成功下载并解压。
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