Hic-pro的结果文件转化为.hic文件，在juicebox中实现可视化

hic数据经过Hic-pro处理后，会生成allvalidpairs文件，这是所有有效配对的文件。一般想要可视化的话，比较复杂。这时我们就可以把它转化为.hic文件，放到juicebox中就很好的可视化。

juicer中的pre命令是用来做这个事情的。只要你的数据符合pre命令处理的格式，这个就很简单。具体用法:https://github.com/aidenlab/juicer/wiki/Pre

但有时我们的Hic-pro的结果文件不符合pre的格式，就需要使用hicpro2juicebox.sh这个脚本进行处理。

1.下载hicpro2juicebox.sh及juicetools(必须)

从github中下载脚本

从github下载juicetools

2.处理allvalidpairs文件（必须）

因为我的文件是从GEO数据库下载的，所以要进行下处理。

先需要解压缩，需要注意的是，解完压缩后，是一个 TXT 文件。所以必须修改文件后缀，把TXT后缀去掉。

比如： allvalidpairs.txt -> allvalidpairs

3.修改hicpro2juicebox.sh（非必须）

在脚本的137行和140行中,有一个参数**–parallel=4**是针对与服务器有GNU的，如果服务器没有GNU的话,就必须要删除这个参数。

awk '{$4=$4!="+"; $7=$7!="+"; n1=split($9, frag1, "_"); n2=split($10, frag2, "_"); } $2<=$5{print $1, $4, $2, $3, frag1[n1], $7, $5, $6, frag2[n2], $11, $12 }$5<$2{ print $1, $7, $5, $6, frag2[n2], $4, $2, $3, frag1[n1], $12, $11}' $VALIDPAIRS | LANG=C sort -T ${TEMP} -k3,3d -k7,7d -S 50% --parallel=4 > ${TEMP}/$$_allValidPairs.pre_juicebox_sorted

else
    awk '{$4=$4!="+"; $7=$7!="+"} $2<=$5{print $1, $4, $2, $3, 0, $7, $5, $6, 1, $11, $12 }$5<$2{ print $1, $7, $5, $6, 0, $4, $2, $3, 1, $12, $11 }' $VALIDPAIRS | sort -T ${TEMP} -k3,3d  -k7,7d -S 50% --parallel=4 > ${TEMP}/$$_allValidPairs.pre_juicebox_sorted

4.运行命令

bash juicebox.sh -i /slst/home/ningwei/data/CRC/FHC/FHC-1_ALL -j /slst/home/ningwei/package/juicer_tools_1.22.jar -g hg19 -o /slst/home/ningwei/data/CRC/FHC/hicdata

-i 需要进行转化的allvalidpairs文件

-j juicetools

-g 参考基因组

-o 输出目录