KEGG Genome 数据库

KEGG Genome数据库包括organisms、selected viruses和Metagenomes三部分,提供物种基因组信息、病毒详细信息及环境微生物数据。organisms数据库以T Number区分物种,如human(T01001),viruses数据库关注与人类或植物病理相关的病毒(T4开头),Metagenomes关注环境微生物(T3开头)。KEGG还提供一套不同于NCBI的简单taxonomy分类体系。
摘要由CSDN通过智能技术生成

kegg Genome 由organisms,selected viruses 和 Metagenomes 3个数据库构成。

kegg Organisms 数据库收录了有完整基因组序列的物种信息,对于每个物种,有两种表示方法:

  1. 三个字母或者四个字母的物种代码, 叫做org code,  比如human对应的org code 为hsa, mouse对应的org code为mmu

  2. T Number, 对于organisms 中的所有物种来说,开头都是T0, 比如 human 对应的T Number 为T01001;

human为例,链接为

http://www.kegg.jp/kegg-bin/show_organism?org=hsa

organisms 数据库记录了如下的信息:


除了 T number 和 Org code 等基本信息外,还包括了taxonomy 等其他信息。在这些详细信息中,Data source 代表基因组序列的来源数据库,通常是 Refseq 或者 Genebank; Original DB 是物种特异性的其他数据库,点击蓝色的字可以跳转到对应的数据库中去。其实这就是综合性数据库的价值,你只需要在综合性数据库中浏览,就可以知道这个物种相关的数据库有哪些,而且可以很方便

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