methylKit 进行差异甲基化分析

最新推荐文章于 2024-05-30 09:13:19 发布
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本文介绍了R包methylKit在差异甲基化分析中的应用，包括读取原始数据、合并样本数据和执行差异分析的步骤。通过methylKit可以处理多种格式的甲基化测序数据，并提供了方便的接口进行差异甲基化位点和区域的注释。
摘要由CSDN通过智能技术生成

methylKit 是一个用于分析甲基化测序数据的R包，不仅支持WGBS，RRBS和目的区域甲基化测序，还支持oxBS-sq, TAB-seq等分析5hmc的数据。 其核心功能是差异甲基化分析和差异甲基化位点和区域的注释。

安装过程如下:

source(“http://bioconductor.org/biocLite.R“)
biocLite(“methylKit”)

推荐使用最新版本的R进行安装，这样可以使用最新版本的methylKist。
利用methylKit 做差异分析包括3步

1. 读取原始数据

每个样本一个原始数据，methylKit支持两种格式的methylation calling文件

  • 纯文本格式

    内容如下

每一行是一个甲基化位点，coverage 代表覆盖这个位点的reads数，freqC 代表甲基化C的比例，freqT 代表非甲基化C的比例。这种纯文本格式内容非常直观，文件大小相比bam 文件小很多，读取的速度更快。
纯文本格式的读取过程如下

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