PolyPhen:分析人类非同义突变对蛋白质的影响

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蛋白质是生命活动的基本单位，研究位于编码区的基因组变异，最重要的一点就是分析该变异是否会影响蛋白质的结构与功能。之前的文章中介绍了SIFT软件，本篇介绍另外一款软件PolyPhen-2。

PolyPhen-2 是Polymorphism Phenotyping v2 的缩写，从命名也可以看出，研究的是核苷酸多态和表型之间的关系，这里的核苷酸多态性指的就是SNP位点，而且是非同义突变nonsynonymous SNP位点，简称nsSNPs。表型指的就是蛋白质的结构和功能了，需要注意的一点就是，这款软件只针对human，不研究其他的物种。

官网链接如下

http://genetics.bwh.harvard.edu/pph2/

PolyPhen-2在预测氨基酸替换对蛋白质的影响时，会结合多序列比对的结果和蛋白质的三维结构等信息。它基于一个有监督的机器学习模型，计算出氨基酸替换改变蛋白质结构和功能的可能性。提供了两套数据用于建模，分别是HumDiv和HumVar。

HumVar适用于评估孟德尔遗传病相关的突变位点，而HumDiv适用于评估复杂疾病或者表型的突变位点。两种模型最终都会给出三个值，蛋白质结构和功能发生改变的概率值，假阳性率FPR，真阳性率TPR。

在对突变位点分类时，除了概率值以外，还需要关注假阳性率FPR。每种模型对于FPR值定义了不同的阈值。HumDiv模型的阈值为5%/1