velvet软件进行基因组组装

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velvet是由EMBL-EBI开发的一款基因组组装工具，官网如下

https://www.ebi.ac.uk/~zerbino/velvet/

安装过程如下

wget https://www.ebi.ac.uk/~zerbino/velvet/velvet_1.2.10.tgz
tar xzvf velvet_1.2.10.tgz
cd velvet_1.2.10/
make 'MAXKMERLENGTH=127'

默认情况下，velvet支持的kmer最大长度为31bp, 如果想要只会更大长度的kmer,在编译时需要设置MAXKMERLENGTH的值。编译完成后，会生成如下两个可执行文件

1. velveth

2. velvetg

软件的运行过程对应的也分成两步

1. velveth

用法如下

velveth Assem 31 -shortPaired -fasta -separate left.fa right.fa

第一个参数Assem, 代表输出结果的目录；shortPaired指定测序类型，fasta指定输入的序列格式。

对于二代测序平台的数据，常用的测序类型包括以下两种情况

1. short