CPC:转录本蛋白编码潜能预测工具

最新推荐文章于 2024-07-30 21:23:02 发布

生信修炼手册

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本文介绍了北京大学开发的CPC2工具，用于预测转录本的蛋白编码潜能。CPC2相比CPC1，速度提升约1000倍，准确性提高，依赖于biopython模块。通过简单的命令行使用，软件会为每个转录本打分并分类为coding或non-coding。虽然软件预测准确度高，但仍有误判可能。通常，会结合数据库比对结果来降低假阳性。CPC2还提供了在线服务，支持多种文件格式上传。详细信息和帮助文档可在官网获取。

摘要由CSDN通过智能技术生成

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CPC是由北京大学开发的一款lncRNA预测工具，只需要输入fasta格式的转录本序列，该软件就可以判断每条转录本的蛋白编码潜能并进行打分，根据得分将转录本划分为coding和non-coding两类，网址如下

http://cpc2.cbi.pku.edu.cn/

该软件最新版本为CPC2, 相比CPC1版本，运行速度快了1000倍左右，准确性也更高，安装方式如下

wget http://cpc2.cbi.pku.edu.cn/data/CPC2-beta.tar.gz
tar xzvf CPC2-beta.tar.gz
cd CPC2-beta/
export CPC_HOME="$PWD"
cd libs/libsvm
tar xzvf libsvm-3.18.tar.gz
cd libsvm-3.18
make clean && make

需要注意的是，该软件依赖biopython模块，需要自己先安装好这个模块。软件安装好之后，可以通过如下图所示的命令查看软件用法