以下示例基于北京大学高性能计算平台,软件LAMMPS。
sbatch提交单个作业
caseName.sh(具体参考各超算平台给的示例代码)
#!/bin/bash
#SBATCH -o caseName.%j.%N.out
#SBATCH -A hpc_ID
#SBATCH --partition=[partition_ID] # 不同的分区和优先级,收费不同
#SBATCH -J caseName
#SBATCH --get-user-env
#SBATCH --nodes=6 # 自选。并不是节点数越多越好,需要自己试
#SBATCH --ntasks-per-node=32 # 自选,不超过最大值即可
#SBATCH --mail-type=end
#SBATCH --mail-user=[mail]
#SBATCH --time=04:00:00 # 限时
#
srun hostname -s | sort -n >slurm.hosts
module load intel/2017.1
module load lammps/11Aug17-intel-2017.1
mpirun -np 100 lmp_intel_cpu_intelmpi -in [account_location]/[caseFolder]/in.pre.frame03.in # 并不一定要跑满,比如这里选了100,而不是6*32=192。
rm -rf slurm.hosts
连接到平台后,
dos2unix caseName.sh # 如果是在win下编写的脚本,需要用这个命令转换一下文本格式
sbatch caseName.sh # 交作业(具体命令参考各超算平台给的示例代码)