MEGA的使用

一.获得meg的文件
1.获得序列（没有的可以找我）
序列链接：链接：https://pan.baidu.com/s/1dhhn_W4ys-VEo5fxB1Z9ow
提取码：1234
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2.直接拉到mega的软件图标上，打开
3.然后align

4.根据自己的需要选择参数，这里我选择默认
5.比对（可能会花很长时间）

6.保存为meg文件

在data里第七项，export alignment ,选择第一种文件格式。

二.建立矩阵
1.在mega主页面，file打开你的meg文件
2.会出现

3.选择建立矩阵按钮，然后选第一项

4.设置合适的参数（自行选择）

5.得到矩阵，可以导出，也可以直接截图。

三.建立进化树
1.和建立矩阵一样，点击下图的按钮，然后选第一项
2.选择合适的参数

3.运行，下图到100就可以stop，如果愿意等也可以

4.在画树完成以后，我们可以看到两个图，第一个叫做Original Tree 还有一 个是Bootstrap consensus tree。
5.修改内容，添加标注
这里所有的修改都在view->Tree options中。
6.导出
在Image中中我们可以导出PDF或者PNG格式的图片。

四。S蛋白和M蛋白也一样