R语言安装WGCNA包

最新推荐文章于 2024-04-22 19:50:55 发布
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版权

R语言安装WGCNA包

  1. 保证R和Rstudio是最新版，这点可以把自己的版本和R官网的版本比较一下 。
  2. WGCNA包的安装前需要安装一些依赖包
  3. 利用BiocManager包来安装一些依赖包，然后再导入WGCNA包
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(c("AnnotationDbi", "impute","GO.db", "preprocessCore"))
site="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN"
install.packages(c("WGCNA", "stringr", "reshape2"), repos=site)
小丑尽欢
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记录并总结自己学习过程遇到的问题 刚开始学习WGCNA 在学习了相关的原理之后 想要按照官网的教程走一边 理解其中的代码 一 刚开始就遇到了这样的问题，没办法下载WGCNA包 Error: package or namespace load failed for ‘WGCNA’ in loadNamespace(i, c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]]): 不存在叫‘GO.db’这个名字的程辑包 然后我尝试下载这个包 包括在Bioc...
Windows 下R软件如何安装GO.db程序包
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在此基础上，我们还可以添加一些额外的信息，比如按照不同的分组将节点赋予不同的颜色，或者根据根据基因之间的正调控和负调控设置连接线的颜色。除了设置节点与节点之间边的关系，还能设置单个节点的参数，比如通过下面的代码设置节点的大小用来表示基因的表达量，表达量高的基因节点直径越大。这里每个节点可以表示一个基因，节点之间的weight权重值用来表示两个基因之间的关联性。首先，加载R包和数据，所用到的数据是WGCNA分析得到的输出网络文件，格式是Cytoscape的输入格式，本文的示例数据已上传，留言区回复。
用R语言做WGCNA分析全步骤一（附代码解读）【转载】
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代码逐句分析一、文章来源二、基因共表达网络构建及模块识别1.数据导入、清洗及预处理2.检查过度缺失值和离群样本3.聚类做离群样本检测4.载入临床特征数据三、自动构建网络及识别模块1.确定合适的软阈值：网络拓扑分析2.一步构建网络和识别模块 一、文章来源 初学WGCNA，觉得博主的代码写的很不错，但其中很多代码在第一遍看的时候有很多地方不理解，后查阅了很多资料，终于看明白了，于是写了一篇笔记，记录自己的学习心得，有不准确的地方，还望各位大佬们不吝赐教~ 原文链接：WGCNA简明指南 二、基因共表达网络构建及模
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加权基因共表达网络构建安装WGCNA包准备基因表达矩阵离群样本检测 安装WGCNA包 首先最好下载R4.1.3版本，然后按照这位博主的的方法安装好WGCNA包：WGCNA包安装 当你输入library(WGCNA)没有提示错误时，说明安装成功 准备基因表达矩阵 在做xx（后面以水稻为例）加权基因共表达网络之前，我们需要先获得若干水稻样本中各基因的表达情况，即基因表达矩阵，类似如下图（后期我会开放下载渠道，记得提醒我） 第一列表示基因的ID号，第一行表示样本的名称（一共有十个样本），矩阵中的数字表示该基因在
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