R语言安装WGCNA包

最新推荐文章于 2024-05-15 11:10:36 发布
最新推荐文章于 2024-05-15 11:10:36 发布
阅读量1w 收藏 14
点赞数 11
分类专栏： R
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_43799332/article/details/109247739
版权

R语言安装WGCNA包

  1. 保证R和Rstudio是最新版，这点可以把自己的版本和R官网的版本比较一下 。
  2. WGCNA包的安装前需要安装一些依赖包
  3. 利用BiocManager包来安装一些依赖包，然后再导入WGCNA包
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(c("AnnotationDbi", "impute","GO.db", "preprocessCore"))
site="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN"
install.packages(c("WGCNA", "stringr", "reshape2"), repos=site)
小丑尽欢
关注
  • 11
    点赞
  • 踩
  • 14
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 5
    评论
专栏目录
R下载安装WGCNA
m0_63768606的博客
03-20 8650
记录并总结自己学习过程遇到的问题 刚开始学习WGCNA 在学习了相关的原理之后 想要按照官网的教程走一边 理解其中的代码 一 刚开始就遇到了这样的问题，没办法下载WGCNA包 Error: package or namespace load failed for ‘WGCNA’ in loadNamespace(i, c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]]): 不存在叫‘GO.db’这个名字的程辑包 然后我尝试下载这个包 包括在Bioc...
Windows 下R软件如何安装GO.db程序包
星辰漫步之LLM的专栏
07-17 1万+
Weighted gene co-expression network analysis (WGCNA)是构建基因共表达网络的常用方法，下面我将简要介绍在R中安装WGCNA，以及可能遇到问题的解决方案。
WGCNA安装包
07-09
centos6.4系统下安装R包WGCNA ，简单，好用，方便
用R语言做WGCNA分析全步骤一（附代码解读）【转载】
qq_43138237的博客
04-09 2万+
代码逐句分析一、文章来源二、基因共表达网络构建及模块识别1.数据导入、清洗及预处理2.检查过度缺失值和离群样本3.聚类做离群样本检测4.载入临床特征数据三、自动构建网络及识别模块1.确定合适的软阈值：网络拓扑分析2.一步构建网络和识别模块 一、文章来源 初学WGCNA，觉得博主的代码写的很不错，但其中很多代码在第一遍看的时候有很多地方不理解，后查阅了很多资料，终于看明白了，于是写了一篇笔记，记录自己的学习心得，有不准确的地方，还望各位大佬们不吝赐教~ 原文链接：WGCNA简明指南 二、基因共表达网络构建及模
因果 WGCNA 分析：揭示基因模块与表型之间的因果效应----CWGCNA包
最新发布
weixin_49214410的博客
05-15 1480
参数。
Linux 中安装R包 WGCNA
qq_42101569的博客
10-29 1816
利用WGCNA构建基因共表达网络时，由于数据量比较大，本机上跑不起来。连接了实验室的服务器，服务器的R语言安装在conda的环境中，在安装WGCNA时，遇到报错“Error in download.file(paste(href, fname, sep = ""), icudtzipfname, mode = "wb"): cannot open URL herf...”的提示。报错时第一个提示的就是‘stringi’的错误，参考了。安装成功后，进入R进行如下操作。如果有更好的方法欢迎指明~
WGCNA分析，简单全面的最新教程
热门推荐
悟道西方
04-30 4万+
欢迎关注天下博客：http://blog.genesino.com/2018/04/wgcna/ WGCNA基本概念 加权基因共表达网络分析 (WGCNA, Weighted correlation network analysis)是用来描述不同样品之间基因关联模式的系统生物学方法，可以用来鉴定高度协同变化的基因集, 并根据基因集的内连性和基因集与表型之间的关联鉴定候补生物标记基因或治疗...
树莓派zero2W学习四OpenCV初探索（人体检测，运动物体检测）
qq_55109721的博客
02-05 1491
市面上还有很多物体识别的工具如tensorflow,yolo,也是由于2W太拉，用官方库即可，而且我是A卡，tensorflow训练太慢，如N卡，可电脑训练，树莓派用tensorflow lite运行。最后说几句，这里的模型是官方自带的模型，如若想自己用OpenCV训练模型，也是可以的，但是zero2W太拉了，如用电脑训练怕模型太大就没再尝试。现在我们的摄像头已经变成了一台网络摄像头。snapshot_interval 1 # 设定自动采集图片的周期，当有运动被检测到时，采集频率会自动变高。
R语言代谢组学数据分析.zip
01-07
R语言作为一款强大的统计和图形处理工具，被广泛应用于代谢组学数据的处理、分析和可视化。本资料"R语言代谢组学数据分析.zip"显然是为了帮助用户了解如何在R环境中进行此类工作。下面我们将深入探讨R语言在代谢组学...
WGCNA_1.67.zip
06-02
WGCNA，全称为Weighted Gene Co-expression Network Analysis，是R语言中一个强大的工具包，专门用于构建和分析基因共表达网络。这个软件包的核心理念是通过识别在不同条件下共同表达的基因群，来揭示基因之间的相互...
R语言安装包及使用教程
09-01
R是一门用于统计计算和作图的语言，它不单是一门语言，更是一个数据计算与分析的环境。
基于WGCNA算法的基因共表达网络构建理论及其R软件实现
08-04
基于WGCNA算法的基因共表达网络构建理论及其R软件实现.
WGCNA-1.72-5
02-21
**WGCNA-1.72-5：深入理解R语言中的基因共表达网络分析** 在生物信息学领域，基因共表达网络分析（Weighted Gene Co-expression Network Analysis，简称WGCNA）是一种强大的工具，用于识别基因之间的相关性模式，...
树莓派zero2W学习三（终端命令，opencv）
qq_55109721的博客
12-13 519
选第三个，跟着操作就行了，然后重启。（重启后会发现显示分辨率降低，大概是zero2W的性能不够，自己降的，我关掉摄像头后就恢复原来高分辨率了）
树莓派zero w安装opencv
淮南草的博客
04-06 1754
折腾了快3天，终于找到合适的方法了 第一步：安装依赖库（预先安装aptitude） sudo aptitude install libjpeg-dev libatlas-base-dev libjpeg-dev libtiff5-dev libpng12-dev libqtgui4 libqt4-test libjasper-dev 第二步：查看树莓派中的python版本号（本设备是pyt...
R包WGCNA---转录组WGCNA共表达网络构建（基本概念）
cfc424的博客
11-06 1765
R包WGCNA---转录组WGCNA共表达网络构建（基本概念）
R WGCNA进阶
浮生终有醒
05-13 1万+
经过一段时间的沉淀，文章内容看了一两遍，才稍微懂得一些里面的含义，至于算法结构之类的还是有些不懂，数学不够好。 library(WGCNA) options(stringsAsFactors = FALSE) myData = read.table("new.txt", sep="\t", header=TRUE) dim(myData) names(myData) datExpr =
R WGCNA基础（1）——数据过滤
浮生终有醒
03-19 2万+
WGCNA（Weighted Correlation Network analysis）是一个基于基因表达网络权重构建，描述基因表达的关联模式的R包。挺拗口的吧，其实简单点的话分析基因的共表达网络，就是两个样本有表达量，那么博主根据表达量可以计算相关性，但如果加入一些新的权重，比如重量、高度、应激条件等等，相当于把基因表达与条件结合起来分析两者之间的关联性或相关性，当然表达量是最关键的。由此也可以
Android Studio 4.2.2安装教程
04-01
以下是Android Studio 4.2.2安装教程： 1. 下载Android Studio 4.2.2安装包。可以从官方网站（https://developer.android.com/studio）下载。 2. 运行安装包，选择安装路径和组件。 3. 安装过程中，可能需要下载一些必要的组件和库文件，耐心等待即可。 4. 安装完成后，启动Android Studio。第一次启动时，可能需要一些时间来初始化和设置。 5. 选择“Start a new Android Studio project”或“Open an existing Android Studio project”，开始使用Android Studio。 6. 如果需要，可以在Android Studio中下载和安装相关的SDK和工具。打开“SDK Manager”，选择需要下载的组件，点击“Apply”进行下载和安装。 7. 在Android Studio中创建、编辑、编译和运行Android应用程序。 以上就是Android Studio 4.2.2安装教程，希望对你有所帮助。

“相关推荐”对你有帮助么？

  • 非常没帮助
  • 没帮助
  • 一般
  • 有帮助
  • 非常有帮助
提交
评论 5
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值