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RSS订阅原创 被特殊物种序列虚晃一枪的日子
前言二代测序实属物种鉴定的利器，将其整合进呼吸介入诊断体系之后实属如虎添翼。除了操作前的临床理化影像分析，操作中的快速现场评价（Rapid On-Site Evaluation，ROSE）和操作后的宏基因组二代测序（Metagenomic Next Generation Sequencing，mNGS）大大提高了呼吸介入操作的诊断效率。但这些技术在应用过程中仍需要存在很多具体问题，需要在实践中不断探索解决。尤其是在发现疑似特殊类型病原体时，需要严谨的验证，并在这个过程中不断完善分析流程。缘起...
2021-03-19 18:00:25
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原创 从kraken2注释结果中提取指定物种序列
对二代测序的数据，可以使用一些软件进行物种注释，从而了解样本环境中的微生态状况。常用的物种注释软件包括MetaPhlAn系列、Kraken系列等等，不好意思我就记得这俩，因为平时就用着俩。MetaPhlAn是在HUMAnN中附带的，而且使用过程中存在两个问题：一个是检出率不够高，除非是丰度或者匹配程度特别高的物种，否则很难检测出来；另一个是数据库更新不够方便，目前的特征序列数据库应该还是201901的版本，所以有些新物种不会得到注释。而Kraken采用哈希表作为检索方式，虽然特异性尚需讨论，但检出率非常高
2021-03-14 15:17:49
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原创 宏基因组单个样本数据处理流程笔记
宏基因组数据处理流程前言数据预处理质量控制前言衷心感谢这个开源互助的网络时代，能够让我在36岁高龄重新回到程序员的行列。在此特别感谢陈同和刘永鑫两位老师的生信交流平台，以及GitHub上各个开源工具的作者们。本文将记录我在进行宏基因组数据处理过程中的一些经验教训，也欢迎各位朋友能够在留言区进行交流。数据预处理跟若干家公司打过交道，一般提供的数据是处理过的CleanData。为了能够确保流程和数据的可靠性，特别是对于以后要发文章的话，必须要求提供下机时生成的RawData，以及Adaptor和Bar
2020-07-03 00:54:23
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原创 HUMAnN3的安装经验分享
HUMAnN3的安装经验分享HUMAnN3的安装过程HUMAnN3的安装依赖项的安装安装Bowtie2安装biom-format安装MetaPhlAn3安装DiamondHUMAnN3的使用前三个数据库的安装和设置后一个数据库的安装致谢HUMAnN3的安装过程HUMAnN是基于宏基因组、宏转录组数据分析微生物通路丰度的有效工具。通过MetaPhlAn组件能够分析物种构成，并对UniRef和MetaCyc进行比对分析，描述群体成员的代谢潜能，以此回答微生物群体成员是什么，以及可能在干什么的问题。前段时间
2020-06-20 19:07:52
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空空如也
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